1.集聚区发展水平较低，政策依赖性较强
当前，我国航运服务集聚效应在大多数地区尚未完全显现，大多数航运服务集聚区主要是由港口资源与市场需求相互吸引形成的简单的企业聚集，所提供的服务主要围绕港口装卸、仓储堆存、船舶和货运代理、船舶供应、船员服务、船舶修理等中低附加值的航运服务业务，具有高附加值的高端航运服务业务的覆盖面相对较窄。
政府在我国航运服务集聚区建设中占据主导地位，基本由政府事先制定本地区航运业发展规划，在政府的引导下建立航运集聚区。在此过程中，尽管航运相关企业在政策引导下纷纷入驻集聚区，短期内能够获得外部经济性而受益，但长期看可能造成航运企业对政府政策过度依赖，不利于提升航运服务集聚区的创新能力。
2.全国范围配套的航运金融服务体系尚未建立
我国的航运金融本身的中介服务机构如保险公估机构、再保险机构发展缓慢，不足以为航运金融业的发展提供有力的支撑。与此同时，我国目前与航运金融配套的航运服务体系尚未完全形成，如海事法律服务机构、航运经纪、鉴证评估等中介服务机构在全国范围内的发展程度普遍不高。
3.航运金融发展环境不完善，相关政策法规尚不健全
航运金融各项业务的开展对国家层面的政策和法律法规具有较强的依赖性，但我国目前还没有综合性的航运金融支持政策出台，高税赋和严格外汇监管的市场环境也不利于航运金融业务的进一步开展。
在船舶融资、航运保险业务中我国与境外航运中心相比面临税赋较高的问题。船舶融资方面，目前我国银行在境内发放贷款需要对利息收入缴纳5%的营业税，导致银行在境内进行船舶融资的成本高于境外，大量船舶贷款业务有向境外流动的趋势;航运保险方面，我国航运保险机构除了营业税外还需缴纳25%的企业所得税。从法律环境来看，我国目前尚未出台航运保险的专门法律，现有的《海商法》和《保险法》中有关航运保险相关规定也还存在不完备之处;保险条款相对滞后己不适应国际航运业的发展和市场的要求，致使我国航运保险业在国际上缺少话语权。
4.船舶交易服务功能不健全，交易机构缺乏有效监管
我国多数船舶交易服务机构在船舶交易基本服务上存在不足，尚未完全具备培育船舶交易经纪、建立数据库以及船舶评估的功能，在提供船舶招投标、拍卖、融资、保险等深层次的配套延伸服务方面更加薄弱。
此外，我国对未经交通运输部公布的船舶交易服务机构即“场外”交易机构的监管力度不够。截至目前，交通运输部对外公布的全国船舶服务交易服务机构仅17家，此外还有未经公布的船舶交易机构35家以及众多未经统计的场外船舶交易场所。由于这些“场外”交易机构尚未完全纳入统一管理，很大一部分船舶仍能在场外进行交易。这些“场外”机构由于未受规范限制，可能导致交易行为不规范违规操作、交易透明度较差、逃避国家税费、缺乏监督管理等情况发生，买卖双方间信息不对称也使得买家难以掌握交易船舶信息的真实性。
