鉴于中国经济发展的特殊模式，航运服务业的发展必须有政府的大力支持，但上海航运中心建设在自由港政策、“第二船籍港”政策、航运金融政策法规等方面处于劣势。
1、自由港政策
所谓自由港政策即享受出口退税的政策优惠，新加坡港口发展得益于政府提供的自由港政策的实施。上海保税港区是我国最开放、享受政策最优惠的港区，但相对于自由港政策，上海保税港区只是准自由港，在出口退税政策受到很大限制。由于上海未实现自由港政策，限制企业享受出口退税的优惠，不利于航运企业出口业务的办理。
2、“第二船籍港”政策
“第二船籍港”政策即鼓励航运企业挂船舶运输所在地国旗，使船舶拥有两国国籍。中国自2007年实施“特案免税”政策，“特案”是指海关签发的《征免税证明》或海关总署通知规定的税率计征各类税费。“第二船籍港”政策与“特案免税”政策有着本质上的区别，前者能够给航运企业带来真正优惠，促使航运企业规模的扩大，后者给航运企业只带来登记方面的优惠，并没有达到吸引外籍船只回归国内的目标。
3、航运金融政策法规
上海航运金融业务的发展没有得到政府在税收、法律的大力支持，尤其是航运船舶企业还需缴纳5%的营业税，且境内外资金无法自由流动。而新加坡和伦敦政府对航运企业实施免税政策，很大程度上促进本国行业内金融服务业的发展。上海航运中心的发展需要政府在航运金融政策法规上的大力支持。
