近年来，上海航运金融业有了较大的发展，但是与国际航运金融中心所要求的强大的资源配置能力和优质的金融服务能力还是相差甚大。据有关统计，在规模巨大的航运金融交易中，上海所占的份额不到1%与国际航运相关的融资、保险等金融业仍然集中在西方各大金融城市。目前上海航运金融发展面临的问题主要如下:
(一)航运金融方面的政策、法律法规不全
航运业和金融业都是资本密集型的产业，需要政府的大力支持。从国际经验来看，全球各大航运金融中心都是在高度自由、监管完善的法律环境中发展的。在这方面来看，上海做的还远远不及海外。比如，在中国要是一个船舶租赁被认定为是经营性租赁，则需要以全额租金为税基，缴纳大量的营业税。这样就加大了租赁公司和船舶使用人的资金负担。在国外，特别是那些方便旗国家，租赁业务是不需要交营业税的。在法律法规方面，由于中国的立法程序比较复杂，法律规范不具有前瞻陛，所以法律的发展远滞后于航运的发展。比如，中国有关航运保险方面的业务还没有独立的法律来保护，而是在海商法中涉及个别条款。
(二)上海航运金融业还处于起步阶段，机构面临竞争激烈
上海港2010年完成集装箱吞吐量2906. 9万个标准箱，同比增16%，首次超越新加坡，跃居世界第一。但是，其在航运高端服务领域如船务经纪、船舶分级与登记、船舶融资和租赁、海上保险等方面远不如香港伦敦等。目前，伦敦控制了航运产业链条的上游，比如航运交易及其服务，而香港集中了大多数如货物运输、船舶租赁等中游的业务，只有下游如码头、货运、仓储、报关、物资供应等港口服务业，才在上海进行。从这方面来看，上海航运金融的发展还是面临很大的竞争。
航运业是一个资金密集型产业，从全球范围来看，遍布各大世界主要港口的航运企业每天都有大量的资金出入，这就吸引了各大金融机构的目光。目前上海航运需求虽然庞大，但是金融机构的知名度以及专业服务水平、服务质量远远不及其他港口。在保险方面，中资公司的创新能力远不如那些从事海上保险的国际大保险公司，而且保险产品也种类比较单一，风险控制能力不足，缺少与国际大保险公司的合作。目前中国的保险企业也没有形成国际网络，一般都只是在国内几个主要城市设立分支机构。在银行方面来看，中资银行在技术、管理和专业人员方面都存在着劣势，缺乏具有航运、金融、法律、外语等方面知识的复合型人才。而外资银行提供的优质服务和真正市场化的优惠贷款利率比中资银行更能吸引客户。所以很多企业都愿意选择外资机构服务，这就对上海航运金融的发展形成了很大的竞争。
(三)航运金融人才短缺
航运金融需要懂航运、金融、法律等多方面的复合型人才。目前，由于我国对航运金融还没有全方位系统地发展，没有符合发展需要的复合型人才培养方案，从业人员的素质参差不齐，不能适应航运金融服务业务发展的需要。人才队伍的匮乏己经成上海航运金融业务发展最主要的阻碍。
