近年来，厦门高端航运服务业取得了较快的发展。伴随着东南航运中心建设，厦门航运交易所、东南国际航运仲裁院、福建电子口岸揭牌成立，港口配套服务、二手船舶交易、航运人才交流、航运金融服务、大宗商品交易、运价指数等六大功能一应俱全，丰富了厦门航运市场要素，完善了厦门航运市场的法治环境，提升了东南国际航运中心软实力。在航运金融方面，建设银行、民生银行、中信银行、兴业银行以及农业银行为积极配合厦门市政府将厦门港打造成为区域性国际航运物流中心，也纷纷成立航运金融部门。但总体来看，厦门发展高端航运服务业仍存在如下问题:
1.航运交易市场规模小
航运交易是指以航运要素(船舶、货物、信息、资金、劳动力)等交易为基础的高端航运服务业，作为国际航运中心重要的服务内容之一，必须得到高度重视。2012年厦门航运交易所完成船舶交易量34艘，交易额2.07亿元，2013年完成船舶交易量47艘，交易金额达到5.25亿元，可以说取得了初步成效，但由于航运交易起步晚，市场规模小，服务项目比较单一，专业人才和资金短缺，仍然存在着一些待突破的瓶颈。在临港大宗商品交易方面，厦门市各种石材、钢材、石油交易市场主要是由民营资本投资，规模小、运营模式落后、布局分散，缺乏银行、保险等金融机构的介入，与国外商品市场联系不足，没有充分依托厦门港作为国际贸易大港地位吸引国外市场要素。
2.航运金融创新能力不足
据统计，当前全球船舶规模约3,000亿美元，全球船舶租赁规模约700亿美元，航运股权及债券融资规模约150亿美元，航运运费衍生品市场规模约1,500亿美元，海上保险市场规模约250亿美元，而在这其中，几个大型国际航运中心城市控制了多数，厦门所占份额微乎其微。厦门在金融市场相关领域涉足甚少，2012年，厦门市保险总额30,078亿元，船舶险占2.4%，货运险占11%，各类金融相关业务正处于初步发展的阶段。目前厦门尚缺乏具有全球知名度及专业化服务水平的航运金融机构，本土金融企业专业化水平不足，航运保险产品创新力不足，航运融资渠道单一，缺乏大型国有航运融资企业。
3.航运电子商务信息化平台建设滞后
利用信息化手段和互联网技术谋发展，运用电子商务的手段推动航运行业转型升级，通过市场和交易使航运服务资源实现公开、透明的交易和配置，是当前航运业改革创新的重点方向之一。目前厦门基于互联网的航运业电子商务平台建设基本处于摸索阶段，现有的航运交易仍停留在“电话、传真和电子邮件”等传统交易方式阶段，可以说基于互联网的航运电子商务平台发展严重滞后。部分航运企业推出了自己的电商服务平台，但由于是航运企业自身打造，此类平台往往只能被客户认定为航运公司的官方销售平台，而不是第三方的公共服务平台，他们无意愿整合供应链环节上的资源，对非该企业的服务产品也缺乏被行业接受的公信力曰。
4.高端航运服务人才资源匮乏
人才数量和质量及其发挥作用的机制在很大程度上决定了航运中心的综合实力，发展高端航运服务人才能够有力助推高端航运服务业的发展，世界著名的几个航运中心所处的区域都有专业的培养航运服务业、航运金融人才的院校为其行业发展输送专业人才，例如新加坡积极鼓动教育培训机构与私立部门的合作，如建立海事与近海工程技术创新中心，南洋理工大学海洋研究中心，并鼓励其与当地企业密切配合，不断推动海洋知识创新。而当前的厦门只有集美大学航海学院有专业的培养航运服务人才的专业，东南国际航运中心的建设，缺乏既熟悉航运业务又精通金融的人才，在整个中国，只有上海海事大学开设航运金融专业，高端航运服务人才得不到较好的供给。
5.航运政策环境有待进一步优化
厦门“计划单列市”、“经济特区”的特殊身份;海沧、杏林、集美台商投资区，象屿保税区、海沧保税区、保税物流园区等多个海关具有特殊监管区域特殊优势及其享有的“地方立法权”和经济发展“先行先试”政策，赋予了厦门较好的政策软环境，但航运金融服务税、航运保险、航运市场交易等方面的政策仍存在着一定的缺失，在船舶登记和离岸业务方面存在着诸多管制。就税收政策来说，“营改增”新税政策使得大部分企业选择将船舶登记到非营改增省份，出现了继船检试点制度后再次出现的运力流失潮，改善航运业融资政策环境、切实为航运企业减负、出台有效政策吸引外挂船舶回归是当下建设东南国际航运中心刻不容缓的任务。
