根据相关法律、法规对船舶抵押权的规定，船舶抵押权的实现方式只有依法拍卖一种，对此相关司法解释征求意见稿也予以了阐述。当然有法官指出船舶抵押权人对抵押船舶拍卖的价款享有受偿的权利，仅是实现抵押权的一种方式，《海商法》第11条没有规定抵押权实现应采用何种程序，是自力救济还是诉讼或非讼方式。但就现行法律规定下，船舶抵押权的实现，必须经海事法院的相关司法程序才得以实现。
金融机构在贷款时，必须确定适格担保人，而担保人必定涉及到船舶所有人及其共有人的权益，故对共有船舶抵押人的认定应为设定抵押的共有人也就意味着即使占船舶份额三分之二以上的共有人签署了金融机构的《同意抵押及共同还款确认书》，其效力不及于未设立抵押的共有人，该共有人不承担抵押权项下的责任。
金融机构发放抵押贷款时，往往重视避免法律本身的风险，对法律适用、经济风险的预判，尤其是对设定抵押权的船舶实际价值的评估，实务中容易导致船舶价格高估，而导致放款膨胀产生坏帐。就海事司法鉴定船舶价值评估本身就存在着问题，更不用说金融机构以融资而对船舶价值作出的评估。笔者认为金融机构对船舶的价值评估除前述的专业资质的评估机构外，为防止其与评估机构的利益关联及对未来的船舶价值有正确的预期，可以参考相应的船舶价格指数。而在船舶抵押权的实现过程中，船舶抵押权的准据法选择对当事人的权益影响较大。即使当事人之间达成合意作出了准据法选择，也存在适用法院地法的可能。船舶抵押权的准据法确定须由有管辖权的法院作出，而这些法院偏向于法院地法，或者当事人无法提供适用的相关法律，法院依法招仍无法查明的，可能会导致抵押权人抵押权受偿预期的落空。
针对处于船舶抵押权前位的债权，船舶抵押权人应通过其掌握的船舶所有人及相关的信息，通过债权人会议核查船舶优先权数额的构成，以防船舶债权分配中的欺诈。同时，船舶抵押权人也可通过在船舶保险中约定“第一收益人”的方式，对其权益进行额外保护。
另，晚近《物权法》的实施对《海商法》下的船舶留置权起着影响，同时对船舶抵押权与其他保证之间的清偿顺序也有着明确的规定，此种风险都是船舶抵押权实现过程中应当注意的问题。
大致来说，金融机构在实现船舶抵押权时，其风险主要来自序位于其前的法定债权的受偿，也来自于其本身在法律(准据法)适用及忽视法律之间的影响(如《物权法》与《海商法》冲突)上，船舶抵押权实现路径是非诉程序还是选择其他程序等。
