目前广东省内河航运企业总体上来看规模仍然偏小，国有、集体企业负担重，老旧船舶多，技术人才短缺;各类中小航运企业大多为家庭式管理，处于信息分割、各自为战的零散状态，行业资源严重浪费，恶性竞争不断，由于船舶管理上以委托经营为主，经营主体比较分散。总体来看广东省内河航运服务业还存在一下问题。
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(1)近年来，广东省航道、港口、船舶虽然得到了较快发展，但全省内河航运的服务能力和水平依然不适应区域经济和交通运输发展的总体要求，主要体现在:航道等级普遍较低，部分跨河桥梁通航净空不足和出海口门不畅，不能适应经济社会发展的需要;港口建设与城市发展的矛盾显现，有待协调;船舶技术性能有待提高，专业化运输船舶少;支持保障系统尚需配套完善;港口、船舶及运输市场发展滞后，制约了内河航运的总体能力和服务水平。
(2)航运金融服务业不够健全完善。国务院《珠三角地区改革发展规划纲要》中明确提出要将广州、深圳建设成区域金融中心。但与上海相比，不论是广州还是深圳，航运金融服务业的发展差距明显，并且还存在与航运金融相关的法律法规不健全、金融机构发展航运金融的动力不足、航运金融发展所必须的专业机构发展滞后等诸多不足。
(3)船舶交易市场不成熟。广一东船舶交易制度不健全、交易秩序缺乏规范，交易市场未能形成较大影响力和规模。究其原因除了港航管理体制改革过于频繁所带来的冲击外，还有相关部门对发展船舶交易业不够重视、政策扶持力度不足，管理机构政企不分、市场监管和公共服务职能弱化，船舶交易市场基础设施落后、专业人才匮乏等原因。
(4)航运企业与船队发展滞后。广东航运业同沿海省市有较大差距，航运企业多而不大，运力结构单一，总体运力规模偏小。我国几大国有航运集团没有一家公司的总部设在广东，这与建设国际航运中心的定位极不相称，也很难适应地方经济发展的要求。
(5)缺少优惠政策支持。由于航运“软实力”吸引力不强，缺少相关的优惠政策支持，致使外资和中资大型航企很难在广东落户。
