法院拍卖船舶需通过相应的程序，因其并非仅为卖船行为，故它由不同的阶段和程序构成。(1)扣船。扣船是法院拍卖船舶的必经前置程序，不论是作为保全措施的船舶拍卖，还是作为执行措施的船舶拍卖，均必须在拍卖前对船舶实施扣押。虽然扣船不一定导致船舶被拍卖，如船舶所有人提供了担保或者设立责任限制基金，船舶即可以被释放。但就拍卖船舶而言，扣船与船舶拍卖是接续的程序，并通过将船舶变价，共同构成了对法院判决或者仲裁机关裁定以及其它法律文书得以执行的保障。
(2)进行诉讼或者仲裁或者已取得执行依据的法律文书。保全程序中拍卖船舶，是针对不宜继续扣押船舶的提前变价，待当事人之间实体争议审理完毕后，保证法院判决或者仲裁裁决的执行。作为保全措施，扣船可能发生在诉讼或仲裁前，也可能发生在诉讼或者仲裁进行中。对于诉前扣船，申请人申请扣船后，应当在法律规定的期限内提起诉讼或者申请仲裁，因而，进行诉讼或者仲裁是拍卖船舶程序继续下去的前提条件。执行程序中拍卖船舶主要是通过船舶的变价直接保证法院己生效判决或仲裁机关裁决的落实，执行申请人在取得生效的法院判决或仲裁机关裁决下，才能进入到船舶拍卖程序。(3)申请法院拍卖船舶。向法院提出拍卖申请的人一般为扣船申请人，通常为诉讼中的原告或者仲裁中的申诉人。申请人提出卖船申请需具备一定条件，按照海诉法第29条，在保全拍卖中，需同时具备两个条件，其一为船舶扣押期间届满，被申请人不提供担保;其二为船舶不宜继续扣押。但申请扣船的海事请求人在提起诉讼或者申请仲裁后，不申请法院拍卖船舶的，被申请人亦可以作为申请人请求法院拍卖被扣押的船舶。此外，我国对拍卖船舶的法院有一定限制，只有海事法院才能对船舶进行拍卖。申请人申请卖船应当向船舶所在地的海事法院或者已经起诉的海事法院提出。(4)债权登记与受偿。法院裁定准予卖船后，即应当发布公告，债权人应当在公告期内登记债权，并在法院拍卖船舶的价款中优先受偿。(5)船舶的移交和公告。买受人签署拍卖成交确认书、付清全部船款后，法院即组织和监督原船舶所有人以船舶现状移交船舶，签署船舶移交完毕确认书，并通过报纸或者其他新闻媒体发布公告。至此，法院拍卖船舶结束。
