(1)明确责任追究主体
根据《反垄断法》，交通运输部门在水运市场领域没有反垄断执法权，不能独立实施水运市场垄断行为的调查，这与《国际海运条例》明确授予交通运输部航运市场反垄断调查权是相矛盾的;此外《反不正当竞争法》、《价格法》的规制主体制度也不能与航运市场规制主体完全对应。作为航运市场规制的特别法，《航运法》应当做好衔接，明确交通运输主管部门与政府其他职能部门在航运市场规制方面的职能分工以及相互配合机制。具体地，建议将第五、六章的禁止性规定，与第七章的调查机关对应起来，明确责任追究主体。调查机关仅限于交通运输主管部门，不能满足航运法责任追究的需要。在涉及航运市场调制主体方面，要么借鉴美国航运法赋予联邦海事委员会独立的调查处置权的模式，由法律赋予交通主管部门对航运市场垄断的独立调查权;要么借鉴日本由运输省与公平贸易委员会共同实施的模式，规定有交通运输部与商务部为共同主体。
(2)增设责任形式
《送审稿》有关责任的规定仅仅体现在第七章“处罚”一节，但是没有明确处罚的性质，从文字上看应该是处罚，但是有的内容分明又超越了处罚的范畴，如“滞留船舶”、“取消许可”等，而且班轮运输经营人未履行备案、公告船期表等行为，仅仅设定处罚，没有设定行为履行的责任。且没有航运市场调制主体实施调制权导致重大损失的宪法上的责任、国家赔偿责任，以及调制受体可能涉及的刑事责任、民事责任、行政责任等责任形式。建议设置补偿性经济责任、惩罚性经济责任，以及行为责任、资格责任、信誉责任等多种责任形式。
(3)完善调查程序
《送审稿》第七章第一、二节规定的调查程序过于笼统，且没有根据责任追究的种类加以区分，缺乏可操作性。建议根据航运法主体和航运法调制行为种类，分别设置相应的责任追究程序。如追究航运法调制主体违法实施宏观调控、市场规制行为责任程序;追究航运法调制受体违反宏观调控、市场规制措施的责任程序;进而还可以分为追究违反宏观调控措施的责任程序和追究违反市场规制措施的责任程序。特别是前者，还应当做好与《反垄断法》、《反不正当竞争法》、《处罚法》、《行政强制法》等法律程序的协调与衔接。
(4)建议提高处罚数额，彰显航运法责任的惩罚性与社会性
建议区分国际航运和国内航运，分别设定处罚。《送审稿》的处罚设定不分国际、国内，更未区分沿海、内河，统一设定处罚，不科学，缺乏针对性。一方面是内河航运违法行为设定的处罚过重;而另一方面是国际航运违法行为设定的处罚过轻，甚至会出现“违法赢利”的现象，可借鉴外国航运法律责任制度中的连续处罚、比例处罚、累计处罚等惩罚性处罚形式，不仅是遭受损失的利益受到补偿，还要使违法者因此而损失惨重，受到严厉的惩罚，从而达到维护航运整体利益的经济法价值目标。
