在我国，行政机关对船舶没收仅针对船舶所有人实施了较为严重的违法行为，而以国家公权力对抗和消灭船舶所有权。行政机关没收船舶是被严格限定的，主要限于法律明文规定行政机关可以没收船舶的情形。
船舶假冒国籍。假冒国籍是船舶不具备取得一国国籍条件，在没有取得该国国籍的情况下冒充该国国籍的行为。假冒国籍包括非本国船舶冒充本国船舶和本国船舶冒充他国船舶两种。假冒他国国籍是对他国主权的侵犯，因而，对冒充他国船舶，非法悬挂他国国旗航行的船舶予以没收是各国通用的做法，但各国均对战时为避免敌国捕获而假冒国籍的船舶做了例外的规定。对假冒国籍船舶予以没收的原因在于船舶国籍是船舶悬挂该国国旗并受船旗国司法管辖和法律保护的依据，表明主权国家与船舶之间的关系，涉及到一国主权。在国际法上，授予船舶国籍的国家，在公海上对本国船舶有绝对的管辖权。1905年，海牙法院在MuscatDhows一案的判决中指出，“一般来讲，决定将赋予谁悬挂本国国旗的权利和制定调整这种授权的法规属于一国的主权”。因而，根据国际法律，每个主权国家都有权决定船舶在该国登记并悬挂其国旗的条件，无国籍船舶是国际性的被遗弃者，没有国际公认的公海自由航行权，各国可以对其实施捕获和没收。我国《船舶登记条例》、交通部《水上安全监督行政处罚规定》( [1998]7号)和《海上海事行政处罚规定》( [2003] 8号)对此亦做了与其他国家基本相同的规定，但没有例外适用的规定。
专门或者多次用于走私的船舶。我国《海关法》第82条第2款明确规定专门或者多次用于走私的运输工具予以没收。因而，船舶只有成为专门或者多次用于走私的运输工具时才能被海关没收。(1.)必须有走私行为存在。即违反《海关法》及有关法律、行政法规的规定，逃避海关监管，相对于走私罪情节较轻的行为。走私行为在行为情节和危害大小上不同于走私罪，对走私行为的衡量和判定应依据我国((海关法》，走私行为包括运输国家禁止或者限制进出境货物、物品，或者应当缴纳税款的货物、物品进出境的;直接向走私人非法收购走私进口货物、物品;在内海、领海船舶及所载人员运输国家禁止或者限制进出境货物、物品，或者运输依法应当缴纳税款的货物，没有合法证明的。(2)船舶必须是走私行为的工具。走私行为需要借助船舶完成或者实施，此时船舶应为专门供走私用的船舶，如果虽非专门用于走私但多次被用作走私运输工具的，亦属于被没收的船舶之列。
属于“三无船舶”。即无船名船号、无船舶证书、无船籍港的船舶。在我国一些沿海地区，“三无”船舶不遵守国家有关水上交通安全管理法规，船况较差，船员素质较低，成为诱发海上事故的隐患，恶性海损事故时有发生。同时，“三无”船舶还常被不法分子用作水上走私、抢劫的主要土具，严重地扰乱了海上治安，破坏了海上航行秩序。按照《关于清理、取缔“三无，，船舶的通告》、《关于实施清理、取缔“三无”船舶通告有关问题的通知》和《沿海船舶边防治安管理规定》，可以没收的“三无船舶”包括:未履行审批手续，非法建造、改装的船舶;停靠在港口的“三无”船舶;海上航行、停泊的“三无”船舶。
