1.比例原则。比例原则是现代行政法的一项原则，它对行政权力行使具有一定制约作用。包括:(1)非在必要情况下，不可限制或剥夺个体的基本权利。即凡是能够通过指导、鼓励、协商等手段实现相同管理目标的，就不应当采取强制手段。如剥夺船舶所有权的没收是较重的行政处罚措施，船舶本身价值较大甚至巨大，且属于不可分物，没收船舶应当针对船舶所有人的严重违法行为。如果船舶所有人违法行为轻微，能够采取其他方式足以制裁和制止违法行为的，如罚款、没收违法所得等，则应当采取其他处罚方式，不应当没收船舶。(2)在必须对权利进行限制并可能造成对相对人不利影响的，公权力在行使时应当兼顾其目标实现和相对人权益保护的关系，并将该限制和影响限定在尽可能小的范围内，保持两者处于适度的比例。如船舶沉没威胁航行安全时，海事主管机关在采取强制打捞措施时，应当以消除沉船对航行安全影响为限，尽量避免扩大船舶所有人损失。
2.补偿原则。公法通过行政权力对船舶所有权的限制或剥夺并非均针对违法行为，在很多情况下船舶所有人并没有实施违法行为，出于公共利益考虑、国家航运政策调整和对国际公约义务履行，需要对船舶所有权施加一定的限制甚至剥夺。由于公权力优先权属性，对所有权合法适当限制所造成损失，并不需给予赔偿。如为预防油污造成海洋环境污染和解决赔偿问题，我国法律要求凡是从事国际航行的油船，船舶所有人应当进行强制保险，虽然强制保险的实行将会增加船东营运成本，但无需给予补偿。但国家为了公共利益必须剥夺所有权时，如国家对船舶进行征收，则应当给予船舶所有人适当补偿。为公共利益征收私人财产而对所有人予以补偿是各国通行的做法，德国在基本法第14条第3款明确规定:“剥夺所有权只有为公共福利的目的才能被允许。剥夺所有权只能依照法律或者根据法律的原因进行，而且该法律对损害赔偿的方式和措施有所规定。该损害赔偿必须在对公共利益和当事人的利益进行公平衡量之后确定”。
