①关于航运法责任追究的调查制度。国际航运管理方面的调查制度相对健全，《国际海运条例》对需要调查的情形、调查的机关、程序、内容和期限等专列一章作了明确规定，操作性也很强。国内水路运输管理方面则没有系统的调查制度，《国内水路运输管理条例》及相关航运管理的规章中既没有就监督检查作系统规定，更没有对航运调制主体相应的检查权、检查的程序以及被检查人应承担的义务等内容作具体规定，这既造成在航运市场调制过程中追求相关主体的责任的程序缺乏相应的法律依据支持，同时航运市场调制受体也无法对一航运市场调制主体的行为进行有效的外部监督。
②关于行政强制措施。《国际海运条例》、《国内水路运输管理条例》等航运法规都没有对航运违法行为规定相应的行政强制措施。这造成航运市场调制主体对于严重的航运市场违法行为缺乏有力的强制手段，增加了执法的难度。
③关于处罚。现行航运法规关于处罚的设定不科学，缺乏操作性。一方面内河航运违法行为设定的处罚过重，另一方面，国际航运违法行为设定的处罚过轻。《国内水路运输管理条例》设定的处罚并也未考虑区分沿海、内河航运市场的不同情况，执法操作性不强，难以执法到位，不能有效地实现规范市场秩序的目的。
另外还存在着一个根本性的问题，即在航运法责任问题上，没有认识到航运法律责任的经济法责任本质。经济法责任强调的是以违法行为的制止、纠正，来达到维护社会整体利益的目的，不是仅仅为了惩罚的目的而实施强制、处罚。所以各项航运法律责任的设置、执行，都应当以此为目标，而不能为了处罚而处罚;为了强制而强制。
上述航运立法中存在的问题，在2004年原交通部《航运法(送审稿)》中，仍然未能得到有效解决。其根本原因在于《航运法(送审稿)》没有全面确立航运法的经济法立法理念，而是依旧按照过去的行政法立法思路设计篇章布局和法律制度条款，没能体现当前中国航运市场经济发展对航运经济法制的需求，没能弥补中国航运领域法律体系的缺陷。
