船舶登记是一项兼具行政许可和行政确认的法律行为，由于其是船舶、航运企业市场准入的前提条件，往往成为推行一国航运政策的重要手段，因此，它也是国家调制航运市场的一种有效的法律措施。但是目前僵化的船舶登记制度是导致大量中资方便旗的重要原因。例如，现行船舶登记条件之一是申请登记船舶必须是在国内建造，其本来的用意是为了保护中国脆弱的造船业，限制外国建造船舶进口，因为中国之前一直是造船弱国，无论是市场份额还是工艺技术都与世界上造船大国差距很大，为了支持国内造船业发展，国家就通过这一船舶登记条件来限制船舶进口以及征收高关税。这样，在国外建造的船舶如果回国内登记需要交纳高达27%的进口税。而在国内建造的国际航运船舶如选择在外国注册登记，悬挂外国国旗，则可以享受出口退税政策。
由于在国外建造船舶可以得到优惠的融资便利，一般船舶建造投资人都会指定船籍国，所以中国建造的国际航运船舶不少选择悬挂方便旗。例如在香港登记的船舶可以享受优惠的贷款，一旦回国内登记则要承担额外的巨额关税。由此可见，出现大量中资方便旗船舶的主要原因就在于船舶登记条件。可是问题在于如今中国造船市场已经发生根本性的变化，市场份额从不到4%到如今的40%，成为世界上造船大国，己经没有必要对造船业采取特殊保护政策，况且中国金融状况也已今非昔比，商业银行有足够的贷款可以用于造船融资。中国当前的船舶登记政策己经完全不适应航运市场发展的要求。
为改善这一状况，中国政府一度采取了“中资国际航运船舶特案免税登记”政策，但是效果不明显。其主要原因有以下四个方面:一是政策实施对象单一，主要是少数大型国有航运企业的中资船舶;二是措施不配套，仅仅针对中资船舶进口环节的税赋高的问题，并没有涉及其他政策性制约因素;三是执行手续复杂、时间较长;四是船舶回国登记后公司内部的船舶管理和运营效率降低。中资方便旗船现象实质上是一个复杂、系统的船舶注册问题，不可能以特案免税来化解。
因此，解铃还须系铃人，完善航运立法，改变现行的船舶登记法律制度才是扭转这一局面的根本解决办法。
