①航运宏观调控相关立法的层次和效力较低。现行有关航运宏观调控散见于一些国务院或交通运输部发布的行政法规、部门规章，甚至是部门的规范性文件，法律效力上层次不高，与宏观调控的全局性、复杂性不相适应。《国际海运条例》、《国内水路运输管理条例》仅仅是国务院颁行的行政法规，在当前宪法原则下，很难设定航运市场宏观调控的条款;其他诸如《老旧运输船舶管理规定》、《水路运输服务业管理规定》、《内河运输船舶标准化管理规定》等则内容分散，修订频繁，效力底下，不利于政府相关部门之间在航运经济发展方面的统一协调。例如对于特殊情形下需采取区域性、临时性调控措施时，航运主管部门往往无法可依，力不从心。
②航运市场宏观调控立法相对滞后、法律规范条文不系统。例如中国在影响船队规模发展的鼓励船舶建造和融资方面的调控措施几近空白，缺乏一套完善的船队建设方面的法律激励机制;相关的航运政策匾乏且游离于法律之外，没有实现法律化，令市场主体无所适从。
③航运市场宏观调控措施较为单一。早在2001年原交通部就提出采取经济、技术、法律和必要的行政手段，调控内河运力总量，优化运力结构。但是关于调控措施更多地体现在规划手段上，现行立法只是依赖提高准入门槛、暂停行政审批等简单的手段运用，且实际管理中重审批、轻监管，重准入、轻退出，尚没有建立一套科学完善的航运市场调控法律机制。目前中国船舶严重老旧，尤其是内河船舶重大安全事故时有发生;船队结构不合理，运力供求关系不平衡，普遍存在运力过剩的情况，且船型杂乱，技术水平低，平均吨位小。这些问题具有治理综合性、影响广泛性等特点，且在解决方案上与航运市场其他问题存在内在联系，都属于航运市场经济法治理问题，只能通过制定《航运法》完善航运市场宏观调控法律措施来解决。
④税收、金融等调控手段欠缺，导致中资船舶悬挂方便旗有增无减。现行航运立法尚没有专门性的税收、金融政策立法，主要体现在相关主管部门发布的一些零散的且还不是专门正对航运的红头文件。据有关资料介绍，1998年，中国挂方便旗的船舶就己达2015万载重吨，占到当时远洋船队总吨位的55.74%。从2005年到2011年7月间，进出上海港国际航运船舶数量从31801艘次增长到43226艘次，而其中中国籍国际航行船舶所占比重却从8.28%降至4.15060 2011年进出上海港的中国籍船舶占4.15%，中资方便旗船约占10%。中国国际海运船队已达6420多万载重吨，其中有3500万载重吨在境外登记，悬挂“方便旗”经营，占总吨位的54.5%。所谓中资方便旗船尽管是由中国国民或企业投资建造、经营、控制，但在法律上仍然是外国籍船，中国政府并无管辖权。这必然影响到中国航运利益和国家利益:船旗国政府缺乏对方便旗船舶的有效监督，方便旗船缺乏安全保障;方便旗船舶一旦发生事故，善后问题难以处理。大量方便旗船的现象不利于中国航运市场的整体一协调发展，与国家对外贸易的整体利益不符，应当综合运用税收、金融等调控手段引导其回归。
⑤则政激励宏观调控政策不足，导致国轮外造现象普遍。尽管新修订的《国内水路运输管理条例》增设了资金补贴措施，但是仅仅适用于老旧船的更新改造，适用范围有限。美国、日本、韩国等一些国家都很注重国轮国造，并尽量争取外轮国造，如美国制定的建造差额补贴政策，在一定程度上刺激了美国船东在国内造船的积极性。但目前中国在造船方面没有任何优惠扶持政策，使得中国许多船舶在国外制造，不仅致使国家外汇大量外流，也增加了造船成本和营运成木。此外，对于船舶折旧，国家规定船舶折旧年限为10年一18年，一般采用直线折旧法，由于直线速率较慢，现已采用加速折旧法，折旧率为10%一18%，但与其他国家的扶植政策相比仍有一定当差距。航运业作为一个投资大、受经济波动影响大的行业，其发展需要国家财政政策支持，而中国在对航运业政策取向上，始终未予任何优惠，这与中国未能明确航运法基本经济法属性定位不无关系。近年来，中国为推进进一步改革开放，激发经济活力，开始在部分行业实施“营改增”试点改革，航运业也被纳入试点行业，这是一个很好的趋势。
