1.删除条文中属于当事人权利义务的实体法规定。实体上船舶所有权登记是船舶所有权变动的公示方式，应当在海商法中加以规定，船舶登记法作为程序法应当仅规定船舶权利登记的程序问题，如登记机关、登记所提交的材料和进行船舶权利登记的具体程序等。规定当事人间的权利义务不利于实体法和程序法划分，而规定与实体法相同的内容更是画蛇添足。因而，应当删除《船舶登记条例》中的有关实体法内容，使之成为单纯的船舶权利登记程序法，以便与《海商法》协调一致。
2.改变《船舶登记条例》的调整范围。首先，参照其他交通工具有关权利登记的规定体例重新安排《船舶登记条例》内容。我国对航空器的规定与船舶类似，亦将航空器作为不动产看待，对其权利变动采登记制，其登记同样包括国籍登记和权利登记。但从立法例上，我国对航空器国籍登记和权利登记却采分别立法模式。其中国籍登记受《民用航空器国籍登记条例》调整，而航空器权利，如航空器所有权、占有权、抵押权等登记，则受《民用航空器权利登记条例》调整。这为船舶所有权登记和国籍登记的分别立法提供了先例。其次，借鉴国外立法例，吸收其适合我国法律传统和习惯的合理成份。分析与我国法律有一定相似渊源的日本和我国台湾地区船舶登记法和船舶法体例，可以看出关于船舶法涉及的范围主要限于船舶登记、国际证书、船舶检验、船舶丈量、船舶载重线、船舶设备、客船管理、小型船舶管理、特种船舶管理等事项。而船舶登记所有权、抵押权登记、光船租赁登记等则与上述内容分开规定，作为不动产登记的一部分，适用不动产登记法一般规定。因而，在修改我国《船舶登记条例》时，应当将《船舶登记条例》匡定在仅规范船舶权利登记程序上，具体包括船舶所有权登记、船舶抵押权登记和光船租赁登记等，并注意考虑与我国未来不动产登记法之间的衔接。同时将船舶权利登记与行政性较强的船舶国籍登记分离，将船舶国籍登记纳入相应的海运行政法中。现阶段，考虑到我国立法规划和进程，可以采取暂时由国务院制定((船舶条例》方式，将该部分内容纳入，待将来时机成熟制定《船舶法》时，再将该部分内容升位，作为《船舶法》内容。
