(1)体系结构上存在的问题
当前中国虽然已经形成以航运及其相关活动为调整对象的各层次的所有法律法规共同组成了庞大的航运法律体系，但是仍然存在着结构不协调等较为严重的问题，主要体现在，一是至今还没有形成一部统摄全行业的基本法。在调整航运生产活动的所有法律中，虽然以航运活动中平等主体之间行为关系为调整对象的海商法等私法规范己经日臻完善、较为发达，但以利用国家权力实施管理和干预的航运公法却有待完善，其中又以国家调制市场经济为手段的航运经济法规范极为欠缺。
二是航运市场经济立法较落后，航运法规和部门规章效力层次低、权威性差。目前只有《国内水路运输管理条例》及其实施细则、《国际海运管理条例》及其实施细则、《国内船舶运输经营资质管理规定》、《国内船舶管理业规定》等行政法规和行政规章，法律效力层次低，不能满足加入WTO后航运发展需要。三是航运法律体系之间存在重叠、交叉和矛盾现象。解决上述问题的根本出路在于制定一部在立法指导思想、价值理念、制度设计等方面能统摄全行业的航运基本法律。
(2)价值冲突问题
这些以调整航运经济运行为功能的法律基本构成了内部统一协调的航运法律体系，然而，中国当前的整体航运法律的发展已经出现偏离其价值取向的倾向。主要体现在缺少政府有效调控航运市场运行规则的航运市场经济法规范，以及中国当前海事安全保障立法与航运立法不协调方面(前者强调安全的国际高标准与后者本国航运保护促进目标不统一，甚至制约了后者的发展)。当前，急需在立法理念上确立航运市场经济立法的核心价值地位，尽快将国家促进、干预、调制航运市场运行而发生的特定社会关系纳入航运法的调整对象，协调海事安全监管与航运市场发展目标的总体平衡，以实现法律调整航运经济活动的价值追求。
