对于异议登记的启动，德国和日本的规定并不相同。在德国，异议登记需要经过登记名义人同意或者根据假处分提起。登记名义人指因对登记簿更正所涉及的权利人，假处分是德国民诉法规定的一种保全措施，但与保全不同，申请异议登记时并不要求申请人证明其权利已受到危害。而在日本，预告登记只能由法院提起。
我国民法典草案则规定由权利人及利害关系人申请而启动异议登记程序。比较而言，德国异议登记程序的启动较为严格，需征得登记名义人的同意。通常，因异议登记是对现登记权利所提出的一种置疑，最终要否定现权利，因而，取得登记名义人的同意并非易事，如果登记名义人不予配合，则会阻碍异议登记的正常进行，申请人可能需要以诉讼予以解决。而我国未来异议登记设置的启动方式较为简便和容易，但可能会造成异议登记的滥用，给登记的船舶所有人带来不必要麻烦。为此，需要综合考虑。笔者认为，我国民法典草案设计的异议登记既有易行之处，同时为避免异议登记不成立给登记簿中的权利人带来损害，又辅之以赔偿机制，异议登记不当的，由申请人承担赔偿责任。对此，启动船舶所有权异议登记程序时应予以采纳，但同时还应当允许其他启动方式加以完善。主要有:当申请人单独申请异议登记时，为避免异议登记不成立或者失效而害及登记权利人利益，应当要求其提供担保或者取得登记名义人同意。登记机关依据法院或者仲裁机关有效的财产保全裁定可以直接进行异议登记。
申请人提出船舶所有权异议登记申请时，应当提交相应的材料。主要是能证明现登记的船舶权利状态存在错误的文件，包括权利人提交其身份证明;提交船舶所有权证明，如船舶建造合同、船舶买卖合同、发生继承的事实、法院拍卖和判决等;提交船舶的有关技术规范等。登记机关进行审查时，只需审查申请人提交的材料是否符合异议登记条件，并将之记载在船舶登记簿中，无须对现行登记是否存在错误进行审查。
异议登记仅是阻止船舶所有权登记公信力的暂时性措施，不能对登记的所有权状态独立地产生效力，同时它又使登记的船舶所有权处于一种不稳定状态，因而，异议登记需要与更正登记结合以对错误登记进行修正。为避免申请人提起异议登记后不积极行使权利，使因异议登记所引发的船舶所有权长期处于不稳定状态，法律对此设定一定的时间限制。当申请人没有在限定时间内申请更正登记的，异议登记即失去其效用，原船舶登记仍然具有公信力，登记名义人在异议登记过程中所进行的船舶处分即发生确定法律效力。
