1.登记权利为正确仅具有相对性。船舶登记簿上的所有权和事实上的所有权有其不能完全一致的客观存在，原因在于船舶登记簿中所记载的船舶所有权仅为一种法律上权利，而非事实上权利。虽然法律上权利基于事实上权利，但设置船舶登记簿的目的即为了公示船舶上权利状态，提供交易信息，减少交易中的征询成本，并为迅速交易创造条件。为此，登记簿的设置必须能保证依据登记簿上权利所进行的交易不被轻易否认，船舶登记簿上船舶所有权实际上即是法律所确认的具有真实和合法性的权利，体现的是法律推定效力，而作为一种推定，即存在着与实际权利不符的可能性，并导致登记错误。
2.登记机关对船舶所有权登记权利真伪的辨别受到认识能力限制。申请人进行船舶所有权登记仅提交法律要求的各类文件，而登记机关对船舶所有权真实与否的辨别也限于上述文件，即使船舶所有权登记程序上要求登记机关对申请材料进行实质审查，但由于受人类自身认识水平的局限，亦难免出现错误和疏漏。实行实质审查，在考虑到交易安全的同时，也要兼顾交易的迅捷，登记机关对登记实质审查己在其他相应机制配合下逐渐转向形式审查，在船舶所有权登记实务中出现不正确登记情形在所难免。
3.在现代法律服务于交易安全的原则下，需要公平地协调真正权利人和善意第三人利益。一方面，法律确立了登记公信力，建立了登记权利可以信赖的观念，即使登记所有权并不存在或者有瑕疵，法律仍然认可善意第三人进行交易行为的效力，阻断了真正权利人的所有权追及力，以牺牲真正权利人利益为代价，换取了对交易秩序和安全的保护。另一方面，船舶所有权登记错误害及了真正船舶所有权人利益，从公平角度出发，法律亦需要平衡善意第三人和实际上船舶所有人的利益，尽量减少登记错误给真正船舶所有人带来的损害，赋予真正船舶所有人在发现登记错误时的异议权，阻却登记公信力，以排除第三人享受公信力的利益。
