①航运法主体责任承担的差异性。当前，包括航运法在内的经济法责任呈现一种不和谐的现象:即关于对市场调制受体的法律责任规定得较多，责任追究的程序也较完备，而对市场调制主体的法律责任规定得很少，责任追究程序也比较模糊，甚至无从落实。比如对政府航运经济决策的重大失误，很少有法律规定明确的责任承担主体、承担方式和追究程序。
②违宪责任追究程序缺失。首先，航运法调制主体通过经济杠杆、经济政策等手段对航运经济进行宏观调控时，履行的是宪法赋予的经济调制权，从法律行为的性质来看类似于行政法的抽象行政行为。对此，中国尚没有相应的诉讼程序的规定，所以不能通过诉讼的方式来追究调制主体的责仟。航运市场卞体实施市场调制行为的目的是为了公益，侵犯的既可能是公利益也可能是私利益。但是中国既没有私权救济的宪法程序又缺少公权救济的宪法诉讼程序，进而导致航运法调制主体责任追究的困难。其次，航运法调制主体是社会公共利益的代表，又是航运公共服务产品的提供者，维护其正常运行是社会稳定的客观需要，很难通过类似处罚私人个体那样去施以责令停业、退出市场等自由罚;同时航运市场调制主体的运行经费大多来源于政府则政预算支出，也很难对其施以罚款的经济性处罚，因为这样的最终责任还是由普通纳税人简介承担。因此，航运法调制主体法律责任的追究与落实问题存在许多制度盲点。
