航运市场价格法律规制的特殊性是由航运市场价格的特殊性决定的。随着时代的发展，航运早已由过去的单一运输形式转向门到门运输的综合多式联运。航运的定价基础、成木结构已经发生了重大的变化，其成木计算不仅仅包括水上航运环节，还包括码头、港内驳运、港口站场，甚至还包括陆内运输等环节。单纯的航运只是整个运输链中的一段，整个运输价格以整个运输成木为基础。
此时，航运价格可能低于航运成本，但是却是运输企业的合理经营战略，并不构成价格违规行为。另外，基于往返航线的运输动机不同，其价格表现出特殊的合理偏离成木的现象。比如，在前往装载目的港的途中以及从卸货港返回的途中，为减少“空置”的损失，以低于成本价揽货的行为，不能简单地定性为价格违规，要以其整个往返运输的经营成木来认定。因此，不能简单的以航运“零运价”或“负运价”作为实施价格违法规制措施的理由。航运市场价格法律规制有其特殊的规律性，需要具体情况，具体分析。
航运市场虽然是一国的国内市场，但是比其他市场更多地具有国际性因素，这就要区分两类市场价格规制的不同性质。国内航运市场价格规制包括对从事国内运输和国际运输的所有中国航运企业(包括“三资”航运企业)，这是国家经济主权的体现，但是规制的内容仅涉及中国企业的价格行为，因此是国内法的性质。而国际航运市场价格规制是针对外国航运企业从事中国运输经营的价格行为，属于国际法适用的性质，不是本文的讨论范围。
