首先，是要坚持市场化原则。航运市场价格规制的目的是克服和弥补航运市场机制的不足，而不是否定和取代航运市场机制，所以必须尊重航运企业等市场主体的价格确定的自主权，坚持航运市场价格形成的市场化方向。政府航运主管部门要全面放开价格制定权，交由市场机制决定航运价格。改革开放初期，中国政府为了降低物流成本，提高生产效率，决定从航运领域开始实施价格市场化改革，从而推动其他运输方式的价格市场化改革。
从2001年起，除由军费开支和财政直接支出的军事抢险救灾运输价格继续实行政府定价外，其他航运的具体价格全部由航运企业根据经营成本和市场供求情况自行确定。尽管后来有人认为中国当时未能充分考虑航运发展的特殊性而过早地实施价格市场化，等于是以牺牲航运利益为代价，换取整个经济流通领域效益的提高，但是，在当前的情况下，问题解决的关键点显然绝不在于论证航运领域价格市场化的必要性以及是否需要给与航运业特殊价格规制保护的问题，而是在于研究航运业如何面临价格市场化的挑战以及政府主管部门如何改变和改进价格规制方式、方法，促进航运市场在价格机制的指引下，实现航运资源的有效配置。
其次，是要坚持科学化原则。价格是市场经营者自我决策的重要依据，是指挥市场经营者正确调整资源配置的重要信号，关系到各方市场参与者的切身利益。但是在市场信息不对称、竞争不充分的情况下，价格机制也就不能发挥正常作用。价格大幅度波动对航运经济不利，运价大幅上升会刺激盲目造船，扩张航线，片面追求数量扩张，从而导致经济效益下降;运价下降，则会抑制航运基础设施投资，运力过剩，空载率增加。价格机制是市场机制的核心，失去有效价格机制的市场是竞争扭曲的市场。因此，政府实施价格规制是弥补市场失灵的必要手段，但是，这种规制必须制度精妙、手段灵活，且限定在狭小的、合理的范围之内。就价格规制制度而言，必须设计科学，在市场机制作用和政府干预作用之间游刃有余，既触及市场内部，又不形成对市场的伤害。就价格规制手段而言，应坚持以非强制性的价格水平规制为主，以强制性的价格行为规制为辅，充分尊重市场规律，充分尊重经营者的自主定价权，将行政手段控制在最小限度内。就规制的策略而言，应当以间接引导的方式为主，这方面可以借鉴美国等国家的运价公开制度，即充分发挥市场价格机制功能，取消运价报备制度，实施运价公开制度，航运主管部门只负责监督承运人公布运价的准确性和可获得性。
再次，是要坚持法治化原则。现代市场经济是法治经济，政府的经济干预和调节活动应纳入法治化轨道。政府的价格规制要受到严格的法律限制，不得影响市场在价格形成方面的决定性作用。使市场在资源配置中起“基础性作用”到起“决定性作用”这一转变，不仅是对市场的作用进行了新的定位，也是对政府的价格规制职能作用提出了新的要求。只有政府更好地发挥规制作用，市场才能在资源配置中发挥决定性作用。《价格法》赋予政府干预市场价格的能力，促进了市场价格的合理形成，弥补市场价格机制自发调节的缺陷和不足，但是没有就政府干预过度、干预不足、干预不能等问题设定规则。这是《价格法》需要予以完善的地方。当然，航运市场价格规制仅仅依靠《价格法》是不够的，应当针对航运市场的特殊性和复杂性，在将来制定的《航运法》中专门设置航运市场价格规制法律制度，既能使价格规制有法可依，又能使价格规制有法可控。
