航运市场垄断与航运市场不正当竞争有的区别，主要表现在以下几个方面:
(1)对航运市场秩序损害程度不同。航运市场垄断是竞争的终结的表现，经营主体己经独占并控制了全部市场，市场已经不再是竞争的场所了;航运不正当竞争尚未完全脱离自由竞争的市场范畴，只不过是航运经营者滥用自由决策权，背离市场基木商业道德，作出了各种“出轨”的竞争行为。
(2)追求的目的和采取的手段不同。航运市场垄断以追求完全破坏自由竞争的航运市场结构，从而独享垄断利润为目标，通常采用自身已有的优势地位排挤、消灭竞争对手，最终消除自由竞争;航运市场不正当竞争不是消除自由竞争，反而正是利用所谓自由竞争的幌子，采用不道德的手段恶意竞争，利用自由竞争浑水摸鱼，不择手段，以达到其追求自身利益最大化为唯一目的。
(3)表现形式不同。航运市场垄断往往表现为滥用市场优势地位，排挤其他中小市场竞争者，规模航运企业通过联合、兼并等方式达到市场独占地位;航运市场不正当竞争则主要表现为商业贿赂、欺骗性交易、低价倾销、搭售、虚假广告等方式，将自己的利益建立在损害其他正当竞争者的利益基础之上。
(4)市场危害程度不同。航运市场垄断危害的是整个航运市场机制，直接损害了货主利益或其他航运经营者的利益，并最终损害整个国民经济的运行秩序;航运不正当竞争扰乱了正常的市场竞争秩序，导致航运市场陷入混乱。航运市场不正当竞争如不能及时受到规制，有可能进一步恶性发展而诱发航运市场垄断。
