航运非营利组织的主要工作职责都与航运密切相关。这些航运非营利组织除了实施行业自律、维护本行业利益以外，一般都受政府委托，承担行业管理的有关工作，协助政府进行行业管理，贯彻政府的行业管理的政策方针，维护公平竞争的市场环境。近年来，航运非营利组织涉及的领域和范围日趋扩大，广泛从事航运技术、法律和经济、安全及咨询等方面的活动，对行业自治的促进，行业政策、行业标准的制定，行业意志的统一与表达等方面都发挥了重要的不可替代的作用。具体可以总结为以下几方面。
(1)提供公共服务，协助政府职能转换
在市场经济发展的大背景下，政府需要尽快转变职能，尽快将自己做不好的事情交给市场，交给非营利组织。这样，政府部门才能专心做好宏观经济调控职能，而非营利组织尤其是行业协会也得以有机会做好中观管理和一协调。因此，非营利组织一定程度上担当了政府转变行政职能的一个承接口的角色。中国航运非营利组织体系完备，联系广泛、技术雄厚完全有能力承担政府部门的规划起草、标准制定、技术引导、信启、统计、业务审核等工作。政府航运主管部门应当简政放权，集中精力做好宏观管理、整体一协调等工作。随着中国改革开放的逐步深入，中国航运市场体系快速发展进入迅猛发展时期，船舶、港口、航道等基础设施进入了前所未有的增长期。与此同时，航运业也出现了软环境实力不足、市场管理混乱、航运从业人员良劳不齐等问题，在这些众多问题的解决过程中，航运非营利组织可以在提供公共服务方面发挥重要的作用。例如:组织实施行业培训，开展政策和业务咨询，组织从业人员职业培训和考试，颁发证书，以提高本行业的人员素质和经营管理水平，逐步与国际接轨。在开展咨询培训业务之外，航运非营利组织还接受政府相关主管部门的委托从事类似于行业管理的工作事项;组织力量积极研究相关航运发展趋势和法规政策，完成政府部门委托的航运事业的战略和战术措施研究任务并提出参考建议等。
(2)行业监督，维护企业权益
航运非营利组织既是维护企业合法权益的有效力量，又是联系航运企业和政府的纽带，贯彻政府航运行业监督的工具。航运非营利组织作为全体会员企业代表，维护会员的正当权益责无旁贷，也是其得以存在的直接目的。航运非营利组织作为组织体比单个个体更方便向政府主管部门发出行业的呼声;代表企业向政府提出反垄断、反补贴等调查申请;代表行业企业参与政府行业发展的决策论证;代表本行业参与国内外相关政府部门、货主、承运人及其国外代理人等组织的协调活动，维护行业利益。另一方面，航运非营利组织通过制定行业自律准则协助政府主管部门规范航运市场经营秩序;通过制订和推行行业国家标准、行业操作规范及服务质量要求等，配合主管部门积极推行标准并进行监督指导，提高行业服务水平。
(3)实施行业协调
协调会员与非会员，会员与相关行业、服务对象的关系，制定本行业的行规行约，并协调遵守。代表本行业参与行业性集体谈判。协调本会与其他行业协会或其他经济组织的相关权益事宜。例如对航线的设置、运力的安排以及港口费收等行业内需要充分沟通、协调的利益枚关问题，航运非营利组织可以发挥其独特身份优势，组织开展调查研究，提出各方都能接受的对策和解决建议。
(4)协调国际事务，加强国际交流
随着政府职能的转变，航运非营利组织必须对行业的发展发挥更大的作用加入世界贸易组织以来，各行业协会等中介组织越来越多地代表企业斡旋，交涉国际贸易摩擦和争端，加强行业内部立场的协调。航运非营利组织通过选派行业精英代表出席有关国际会议，加强与世界各国同行业组织的业务联系，以促进航运业的国际合作和交流;并代表木国航运业的整体利益，就有关的行业的国际性问题进行磋商或交涉，维护中国航运业的国际利益。
