船舶所有权登记效力可以分为对当事人的效力和对第三人的效力，效力的实现需要通过登记来体现。因为不同的船舶所有权登记模式会带来不同的船舶所有权登记效力，所以船舶所有权登记效力随着不同的登记模式而不同，登记生效模式下，船舶所有权变动源自于双方当事人的物权合意，登记作为物权合意的表现形式，直接构成船舶所有权变动的条件。
对当事人而言，船舶所有权登记使当事人之间的合意得到法律上的承认并得到法律的保护。对当事人之外的善意第三人而言，船舶所有权登记具有提示和警示的效力，是潜在交易的第三人识别船舶所有权是否发生变动的标准。可以看出，这种登记模式下，无论对双方当事人还是对当事人以外的第三人，船舶所有权登记发挥着统一的效力，对内对外的标准具有一致性。也就是说，“船舶所有权登记统一了船舶所有权变动的对内和对外关系，它既是船舶所有变动的要件，又是所有权变动的表征，所以，只要存在船舶所有权登记，他人即可以信赖登记的内容，即使登记的内容与真实的权利状态发生冲突，法律上也会认可登记的内容为真实，从而保护善意第三人的信赖利益。
船舶所有权登记对抗模式下，双方当事人以合意作为船舶所有权变动的起点，而以登记作为船舶所有权变动的终点，船舶所有权登记成为船舶所有权变动的内在要求。在这种模式下，船舶所有权变动不是必然导致船舶所有权登记，船舶所有权登记仅是船舶所有权变动中的辅助手段，通过船舶所有权登记将存在于当事人之间的仅具有相对性的船舶所有权外部化，为世人知晓，以此来弥补这种模式本来存在的缺陷。实质上，船舶所有权是否登记，影响的只是该船舶所有权的对外效力，并不影响当事方之间的对内效力;船舶所有权变动没有登记，法律也予以保护，但这种保护是一种有限的法律上的保护，即“善意第三人”在船舶交易时受到权利的侵害时，可以不承认未登记的船舶所有权。换句话说，船舶所有权变动以后并不具有完全地物权效力，而只是在当事人之间发生相对性的效力。进行了船舶所有权登记后，有缺陷的“物权”成为完整的对外扩张的物权，因此可以对善意第三人产生法律约束力。
