当买卖的船舶上设立有抵押权的时候，首先应该明确的是抵押人(卖方)、抵押权人和买方三者的关系，也就是船舶所有权转移和抵押权的关系。抵押权人只是在债务人不履行还贷义务时有权就被抵押船舶的拍卖或变卖价值优先受偿，在此之前，船舶所有人(抵押人)仍可利用船舶进行处分和收益，即抵押权效力并不及于船舶的处分权。原则上说，抵押权的成立不阻却抵押人出卖抵押物。但是船舶抵押权人对船舶享有一附条件的权利，这一权利将在债务人不履行还贷义务时实施。
对于船舶抵押权人的这一权利也是应该得到法律的保护的，而且相对于转让的所有权而言，抵押权成立在先。因此抵押船舶的处分会影响到船舶抵押权人以及第三人的利益。因此，船舶抵押权设定后，抵押人的转让处分权受到一定限制。依《海商法》第17条，未经抵押权人同意，抵押人不得将被抵押船舶转让他人。依《担保法》第49条，抵押期间，抵押人转让己登记的抵押物的，应当通知抵押权人并告知受让人转让物已经抵押的情况，抵押人未通知抵押权人或者未告知受让人的，转让行为无效。这一规定是相当含糊的，因为在这一法律条文中，抵押人要转让抵押物需要同时履行两项义务，一是通知抵押权人，二是告知受让人。那么如果没有通知抵押权人，抵抑人的转让行为无效;没有告知受让人，难道转让行为也无效吗?那是否就意味着受让人并不取得抵押物的所有权呢，这对于受让人而言其权利更加没有保障。因此，在《担保法解释》中，就对此作出.了修正，“抵押权存续期间，抵押人转让抵押物未通知抵押权人或者未告知受让人的，如果抵押物已经登记的，抵押权人仍可以行使抵押权;取得抵押物所有权的受让人，可以代替债务人清偿其全部债务，使抵押权消灭。受让人清偿债务后可以向抵押人追偿。如果抵押物未经登记的，抵押权不得对抗受让人，因此给抵押权人造成损失的，由抵押人承担赔偿责任。”
如果基于《担保法》及其司法解释的规定，出卖船舶时对抵押权人仅需履行通知义务，无需取得抵押权人的同意。但是依照《海商法》，出卖船舶必须取得抵押权人的同意。根据特别法优于普通法的原则，就抵押船舶的转让，抵押人仅仅发出通知是不够的，.得到船舶抵押权人的同意也是船舶抵押人合法转让抵押船舶的条件之一270
·同时，由于我国《物权法》的出合，《物权法》采取了和《海商法》相同的模式，即在抵押期间，抵押人未经抵押权人的同意，不得转让抵押财产。加之，《物权法》规定，其和《担保法》有矛盾的，优先适用《物权法》。因此，就不存在适用《担保法》的情况了，只要是要转移抵押物的所有权，就必须取得抵押权人的同意，仅仅通知或告知是不够的。
另一方面，我国《船舶登记条例》中对于船舶所有权的登记，要求船舶所有权人提供未进行抵押的证明文件或者抵押权人同意被抵押船舶转让他人的文件。在这种情况下，没有提交这份文件将导致船舶所有权无法登记，因此船舶所有权的转让不具有对抗第三人的效力。据此，对抵押权人而言，未经其同意的所有权转移是不发生效力的，那么当抵押人不履行其债务时，抵押权人仍然可以申请将船舶拍卖而优先受偿而不论船舶所有权是否己经被转移。
此外，对于船舶的买方来说，基于卖方在买卖合同下的权利担保义务，如果买卖的船舶上设有抵押权，卖方构成违约责任，这和前述的船舶上附有租约的理由是一样的。而且根据《担保法》，·未告知受让人转让物已经抵押的情况的，转让行为无效。但是这一条规定对于船舶买卖没有什么实际的适用性，毕竟船舶不像一般的不动产，购买船舶以后买方会很快将其投入营运，否则将产生极高的费用，如果此时发现船舶上有抵押权，买方再主张转让行为无效是不现实的。
