船舶融资租赁合同中，金融机构与船舶所有人即出租人签订船舶抵押合同，出租人将所有的船舶作为抵押物向金融机构提供担保，当出租人未能如期履行义务时，金融机构有权依法拍卖、变卖该船舶，从卖得的价款中优先受偿。《海商法》第十三条规定:“设定船舶抵押权，由抵押权人和抵押人共同向船舶登记机关办理抵押权登记;未经登记的，不得对抗第三人。”第十四条第二款规定:“建造中的船舶办理抵押权登记，还应当向船舶登记机关提交船舶建造合同。”《船舶登记条例》第二十条规定“对20吨以上的船舶设定抵押权时，抵押权人和抵押人应当持有下列文件到船籍港船舶登记机关申请办理船舶抵押权登记:(一)双方签字的书面申请书;(二)船舶所有权登记证书或者船舶建造合同:(三)船舶抵押合同。”以上是我国法律对于设定船舶抵押权，进行船舶抵押登记的详细规定。
金融机构与出租人签订船舶抵押合同应当到海事局进行抵押登记，不登记将不能对抗第三人。如果没有进行登记，抵押权己经生效，但是当出租人将船舶进行处分，金融机构无权向善意第三人主张权利。对于建造中的船舶，金融机构应当和船舶所有人签订船舶抵押合同，双方共同提出申请，进行抵押登记。正如上文所述，虽然我国《中华人民共和国船舶登记条例》己经间接的认可“在建船舶”的物权性，规定在建船舶人享有船舶所有权，因此《海商法》第十四条对于在建船舶的抵押做出了规定，由于在建船舶的特殊性，抵押登记条件、项目等均不明确，因此在2009年我国海事局印发了《建造中船舶抵押权登记暂行办法》，该办法对于在建船舶的抵押登记做出了专门性的规定，该办法对于申请办理建造中船舶抵押权登记的条件、提交的材料、抵押担保的债权、登记机关、注销登记等程序做出明确、详尽的规定。该办法还在附件中公布了经授权的建造中船舶抵押权登记机关名单。为提高金融机构的抗风险能力，保证在建船舶抵押权顺利实现，金融机构可以要求出租人为其所有的船舶办理保险，也可以和出租人协商，有金融机构自己投保，保险费用由出租人承担。
