船舶与一般动产的物权变动生效要件是一致的，在探讨第三人能否以善意取得船舶所有权这一问题上，船舶占有具有关键性意义，存在是否承认占有是公示要件与权利外观、是否具有公信力的问题。对此，学术界和实务界观点不同。
动产物权的表象往往与实质权利不符，若在交易上必须先调查而后交易，则非常不便。为了交易的安全与便捷，法律承认实际占有行为的重要性，赋予权利正确性推定，并将其作为善意取得的信赖基础。占有是所有权的前置状态，紧随所有权应配置两个制度:占有和假定所有权。占有受到保护，因为它被看作是权利外观，这种理论可以称为“权利推定理论”或者“权利外观理论”。虽然以占有作为动产公示方法极不完善，公示权利与真实权利可能发生背离，但在必须确立表征方式的前提下，没有比占有公示更好的选择了。由此，借由公信原则解决了影响动产交易安全的难题，而对真实物权人则在当事人之间通过违约责任或侵权赔偿予以救济。因此，对于要进入商品流通过程的动产而言，即使牺牲其“静的安全”，也要谋求保护其“动的安全”，流转保护是善意取得的基本思想。但在目前的社会交易形态中，所有与占有分离的现象日益普遍，“在今天，从占有上推断所有权比以往更缺乏正当性”。占有的公信力随着社会的发展而减弱，将占有的公信力建立在占有人通常就是所有权人的经验之上是危险的。“占有作为公示手段功能，在今天的经济制度中已经大大丧失，债权人再也不能因为债务人占有很多物就相信他有很多财产。”甚至有学者认为，对物的事实管领力在绝大多数情况下与本权重合的说法，在当今社会已不能成立。动产占有的公信力作为善意取得的理论基础渐受质疑。
由于船舶本身的特殊性，并受船舶经济利用目的所支配，或为实现船舶效益最大化，船舶占有难以反映真实的所有权关系。船舶的所有权通过与占有权能相分离，支撑了那些只有通过两者分离才能达成的盈利模式。与一般动产占有的经验事实不同，船舶占有人一般为所有权人的盖然性概率较低，并无可资依赖的经验，一般动产的权利近真性结果推定结论，在船舶占有中难以适用。船舶登记与真实权利的情形可能不符，占有同样难以与真实所有权的情形相一致。在一个发达变化的航运市场经济和船舶营运实践中，现代航运业营运形式深度分工，占有转移频繁，占有与本权分离或可称为常态化运营的现实，在表征错误大量存在的背景下，占有并不能充分彰显本权或权利外观，单纯的船舶占有事实不足以产生所有权或处分权的信赖效果。当然，对于船舶占有的公示效力，有学者认为在“交付说”的格局下，交付的权利移转效力本身就意味着占有具有权利推定的效力，交付(占有)具有一定的公信力;特殊动产的公示方法只能是占有与交付。笔者认为，此类观点值得进一步商榷与探讨。一般动产由于价值较小、交易频繁，客观上具有迅速与安全交易的要求，受让人无时间去核实出卖人是否所有权人，权属查询将阻碍交易进行，故而承认占有具有公信力。而在船舶交易过程中，往往要作大量的事先调查，加之可能与运输活动计划联系在一起，买受人需要了解并检测船舶的各种具体技术指标，买受人具有充足时间对船舶权属尽到注意和调查义务。也如学者所言，对于以取得船舶所有权为目的的权利人来说，在签订相关合同之前，其理应审慎地对标的船舶进行实地考察。⑧因此，虽然确立了交付原则，但占有无法承担船舶所有权的公示功能，无法依据动产交易中的公示原理来赋予船舶占有以公信力，买受人误信船舶占有人具有处分权缺乏现实合理性。
船舶具有动产与不动产的双重法律属性，信赖单纯的现实占有者具有所有权如同动产“实际占有与财产权在法律上的效力一样强”并将占有作为善意取得的信赖基础是难以成立的。如学者所言，“特殊动产价值一般比较大，《物权法》对其物权变动设立了登记为对抗要件模式，单纯占有事实尚不足以产生公信力”。特殊动产以登记为对抗要件，不能赋予占有或登记以公信力，不适用善意取得制度。假如船舶占有具有公信力，运用简单的法律拟制技术即可适用善意取得，然船舶占有却走向了公信力本意的反面，虽然在“交付主义”模式下的船舶善意取得构成中，出卖人占有船舶事实状态是前提，但该前提并没有触及实体权利的假定，仅凭借对占有的信赖就可使善意的受让人取得船舶所有权，存在明显的缺陷，构成对信赖基础的异化，过分牺牲了原所有权人的利益，在利益保护上失去了平衡，损害或威胁到船舶产权秩序的稳定性。船舶通常属于正在经营运输中的特殊动产，针对船舶占有的特殊性与经验事实的变化，需要在原权利人与买受人之间建立一种新型利益平衡机制，为第三人信赖利益提供恰当的保护。因此，船舶善意取得的信赖基础依赖于客观意义上的船舶所有权的多样性表象或多个要素的综合判断或许更具有可行性。
