通说认为，船舶登记是将所有权变动情形公示于众，具有对抗效力，但不具有公信力。不过，通说在解释论上存有异议。这是因为，登记不是设权性的，单独登记不能真实彰显权利的实际状态。赋予登记以创设物权效力与登记对抗主义在理论上互相矛盾。登记簿的公信力是以牺牲真实物权人为代价以保护交易安全，其实现前提为登记状况与真实的权利状况大体一致。就特殊动产物权变动而言，其法定的公示方式仍然是交付，登记不是物权变动的法定公示方式。对抗主义模式缺乏公信力所需的制度配置，登记具有公信力这一点是与实质审查机制相一致的，且登记机关承担船舶登记错误的责任。
在对抗模式下，登记的形式审查使登记所公示的所有权与事实上真正的所有权之间可能存在不一致。有学者主张:现有的船舶登记对抗制度决定了所有权登记公信力的缺失，登记不应作为审判实践中的确权依据;在《海商法》的语境中，登记对船舶物权变动没有实质影响且无公信力，登记不具有权利正确推定机能;在我国，船舶登记只具有对抗效力，对船舶登记证书记载(证据效力)的船舶权属状况应持合理怀疑的态度;对于特殊动产的交易，因交付是物权变动的公示要件，故登记并不具有公信力。对于登记是否具有公信力，有学者主张，在登记对抗模式下，《船舶登记条例》确立了实质性的审查机制，使得登记具有公信力，以此增强船舶交易的安全性，故“应当认为作为我国船舶所有权的法定公示方法的我国船舶所有权登记应当具有公信力，而且《海商法》已经确认了其公信力”。此类观点值得商榷。笔者认为，《船舶登记条例》第14条将船舶物权登记申请规定为实质审查，此与《海商法》确立的物权变动中的登记是不同的，其所规定的船舶登记采实质审查是行政管理的作法是对船舶初始登记所做的规定，而非船舶所有权私法变动模式运作所必需的审查模式。我国船舶登记机关的实践表明，船舶登记(包括所有权、船舶抵押和光船租赁三种登记)只进行形式审查即文件审查，并不进行实质性审查，也并未规定登记机构关于登记错误的赔偿责任。目前，无论是由国家进行赔偿，还是由当事人为此支付大额手续费建立补偿基金均是重大问题，并非仅是法学理论可以解决的。要求船舶登记机关在登记前对合同的实质性效力和原因关系进行判断，尤其是当涉及国际船舶买卖合同时，是存在较大困难的。如果债权关系存在瑕疵，则登记就与真实情形不符，因登记错误而承担巨额赔偿责任必然导致登记机关的慎重，最终可能造成登记手续耗时过长的问题。简化船舶所有权的变动具有合理性，也是一种趋势，有利于金融资本市场的快捷运作，且避免国家公权力过度介入私法关系，当公权力不具备私法实体关系的审查权力时，也就免除了登记错误的赔偿责任。
登记不具有权利正确推定的机能，不能以船舶登记信息作为判断船舶所有权人的绝对证据，登记的内容可以被其他证据推翻。但船舶登记具有证明所有权的功能。如学者所主张，实行船舶登记单一制度的国家，登记是船舶所有权的法定证明，特别动产登记制度赋予该登记以物权变动的证据效力。因登记并非进行实质性审查，对登记的信赖应是一种具有对抗力和证明力的信赖。因此，从登记对抗逻辑体系中可以得出，登记不具有与所有权变动要件即交付进行效力孰更优先的比较的可能性，两者处于不同逻辑要件构成和作用体系中。“建议对《物权法》第24条作出适当修改，承认登记和交付都可以成为公示方法，并明确登记的公示效力在一般情形下优先于交付的规则”的观点，值得进一步商榷与探讨。
登记对抗实质体现为原权利人怠于登记的可归责性与第三人合理信赖的正当性保护之间的比较权衡，对两个物权性权利的得失或不利益分配做出最终判断。这种判断本身并没有逻辑上的必然性，只是法政策性利益衡量的结果，不外乎保障市场交易的安全与便捷之考虑。激励或督促当事人完成登记、提示其对抗力缺失带来的风险以确保所取得物权效力的完整性是《海商法》第9条所预定的效果，据此也间接地实现了执行登记的目的。登记具有公信力，有利于强化船舶交易安全，但不可避免地会产生对原所有权保护薄弱的结果，不当地损害真实所有权人的权益，对静态的所有权安全造成损害，并与交易的便捷性、效率性价值目标发生冲突。仅凭借登记公信力便能迅速、安全地进行船舶交易，似是无可期待的理想制度，是否产生船舶交易全面合理化的结论和效果，尚存疑问。
