船舶进行登记主要有以下几个方面的意义:
C1)利于船旗国政府对船舶的监督管理以保障海上安全
尽管各国对船舶的登记条件由不同规定，但在进行登记时，对船舶的性能、构造、设备、适航性等都有一系列强制性规定，并以此作为船舶登记的准入条件，从而保障了海上航行的安全，同时通过船舶登记，便于识别船舶的国籍和所有人，利于监督管理。
C2)能够有效地保护当事人的合法权益
以船舶为标的权利(所有权、抵押权)的效力在很大程度上取决于船舶登记，如船舶设定的抵押权不进行登记则不得对抗第三人，且优先受偿C Preferred lien )的顺序也依登记时间而定等。
(3)能够享受登记国提供的各种优惠
各个国家由于航行保护主义及主权等方面的考虑，对本国国内及沿海的运输一般都限制外轮参与，同时登记船舶可以享受船旗国政府和其他海运国家缔结的双边或多边航海协定中的许多优惠条件，如在我国登记的船舶享受悬挂中华人民共和国国旗航行权和在我国沿海和内河的航行权，具有国内客货运输经营权，在外国港口可受到我国驻外使节的保护和协助，在海上航行可得到我国军队护航等。
(4)船舶登记时决定某些法律关系的准据法
从国际私法的角度来讲，船舶国籍是一个重要连接点，《海商法》中关于船舶所有人的责任限制、船舶抵押权的效力等都是以船旗国法为准据法的，同时，对于船舶内部发生的刑事、民事等案件，各国大都适用船旗国法律来调整。
