若挂靠双方之间基于挂靠关系签订了船舶挂靠协议，则可根据合同中彼此约定的船舶归属来确定挂靠合同的所有权，但在挂靠双方口头约定或签订虚假协议的情况下如何确定船舶真实所有权的归属，以及各证据之间的判断性强弱顺序该如何确定，本文认为可从以下几个方面进行判断:
首先，基于意思自治原则，应当赋予挂靠双方之间对于船舶所有权的有效约定以优先证明效力。若当事人之间存在口头约定或书面协议且有证据能够对其证明，且为当事人自愿缔结，亦不违背法律，行政法规强制性效力规范，在不违背公序良俗，不侵害他人合法权益的前提下，应当贯彻私法自治原则以保护意思表示自由并尊重挂靠双方对挂靠船舶所有权权属之协议。
其次，若无以上约定，则可根据挂靠人提供的本人合法取得该船舶的证明文件来证明其对船舶的所有权。在船舶挂靠业务中，一般情况下，被挂靠方与挂靠方、船东、转让方等都不会有真实的交船行为。因此，也无法提供取得该船舶的证据，在挂靠双方内部确定涉案船舶所有权的归属时，若挂靠人无法提供相关证据，但法院通过造船厂或者船舶的出卖人查明其与挂靠人在签订有效船舶买卖合同的基础上己向挂靠人实际交付船舶，也应判定挂靠人是船舶的真实所有权人。
第三，法院在通过以上两类证据进行所有权判定时应注意，挂靠人在取得船舶所有权后并没有与被挂靠人进行船舶买卖行为，没有成立真实有效的买卖合同也没有发生交付船舶行为，如果被挂靠人举证证明挂靠行为实施后，他与挂靠人就船舶所有权转让达成协议属于事实，那该船舶就不属于挂靠人。
第四，若挂靠双方内部不存在对船舶所有权权属的明确约定，法院与当事人也无法查证或提供挂靠人实际取得船舶的证据，那么法院可通过调查挂靠船舶的实际经营者以及挂靠费用的支付事实存在来判定船舶属于挂靠人。挂靠经营行为一般由于挂靠人缺乏国内水路运输经营资质而产生，它以支付被挂靠人挂靠费用、在被挂靠人名下注册船舶、借挂靠人经营资质等方式进行挂靠经营。挂靠费用包括船东垫付给挂靠人的保险费和管理费，以及在一定期限内由挂靠人向主公司缴纳的租金。挂靠费用支付状况有助于认定船舶挂靠经营关系，特别是在缺乏书面船舶挂靠协议的情况下。
法院也可在查明船舶造船款或购船款的实际支付者后，在挂靠双方又无相反证据的情况下，判定船舶为实际支付人所有。但该依据的证据效力远不如以上依据。确定船舶造船款或者购船款实际付款人和付款比例特别重要。在没有委托付款或借款的情况下，付款人一般是船舶建造的拥有者或船舶买受人。
最后，如果挂靠人没有上述有效证件证明船舶所有权，则只有通过船舶所有权登记作为兜底依据来判断船舶所有权归属。在我国，对于船舶的设立，改变采用的是一种登记对抗制度，而非一种登记有效制度，因此，不能把船舶的注册信息作为判定船舶所有权归属的一个绝对根据，但是当没有相反的证据表明船舶登记信息与其实际权属不符时，应当对船舶登记中推定船舶权利状态的作用予以保护。挂靠人由于自己的行为而使得被挂靠人对船舶拥有名义所有权时，应当认识到这种行为可能带来的法律风险，并为之做好防范措施。从挂靠人自甘风险角度来看，以船舶登记为兜底依据判断船舶所有权归属，这不但可以与部门法规中对于船舶挂靠问题的否定评价相呼应，还可以提醒挂靠人慎重地选择挂靠方式进行运营。还能从法律层面厘清涉事船舶物权状况。
