根据航运中心类型划分，重庆长江上游航运中心是以货物贸易和物流服务为核心的复合型内河航运中心。主要功能集中于航运中转、货物集散、加工增值，并逐步向综合资源配置功能拓展。同时，重庆市城市功能定位决定了航运中心必须与重庆市经济、生产、贸易、金融、交通、法律、人才等多种资源要素相适应，合力推进国际贸易、物流、金融、信息和产业承接转移中心建设。
①综合物流枢纽功能
重庆长江上游航运中心是以重庆为核心的长江上游现代化港口群和西部最大港口物流基地为核心平台，具有大型化、深水化、专业化港口设施，密集集装箱班轮运输，公路、铁路、水运、航空等各种运输方式组成的立体集疏运系统。同时与长江沿线武汉、南京、上海等国际航运中心业务协同、功能互补，是西部地区运输组织管理中心、班轮运作中心、物流中心以及多式联运中心。
②航运服务、信息与市场功能
重庆长江上游航运中心航运要素聚集水平不断提升，在汇集传统船舶运输业、港口装卸业务的同时，逐步向港口综合功能、船舶运输业相关，以及对其具有支撑和辅助作用的政策法律环境、航运信息、航运安全、环境保护、人力资源、航运服务产业链和行为组织等产业延伸。己有多家国际知名班轮公司、国际物流公司集中落户重庆，重庆长江上游航运中心己经初步形成了规模化基地船公司运力，具备良好的航运市场、庞大的产业集群，坐拥周边港区龙头地位。
③资源配置、临港开发功能
重庆长江上游航运中心以重庆各大港口尤其是保税港区拓建和临港工业规划为依托，打造出口加工区，积极推进大项目落地带动产业链发展，以集群、创新思路引领产业基地发展。同时，重庆市进一步调整和完善国际国内加工相关的产业结构、资源配置和临港产业布局，尤其强化适箱产业，为重庆口岸国际国内运输物流活动直接提供足够的集装箱生成量，使重庆航运中心成为西部地区参与国际分工合作的生产和加工基地。
