重庆长江上游航运中心相较于武汉长江中游内河航运中心以及南京长江区域性航运物流中心具备以下特点:区位条件层面。重庆作为西部地区重要的战略支点，经济腹地覆盖了四川、云南、贵州等西部地区以及部分中部地区，拥有西部地区相对完善的公铁水联运体系，同时依托渝新欧、渝桂新南向大通道，借力保税港区优势，具备全球资源市场竞争能力。而武汉作为我国经济地理的中心地带，在长江经济带建设中具有“中枢”地位，具备辐射长江上中下游市场能力，区位优势优于重庆。南京则位于长江经济带沿江、海上丝绸之路沿海T型经济发展带结合部和东西长江航道大动脉，重点发展长江水陆联运和江海中转。
宏观经济层面。2017年全市地区生产总值达到19500.27亿元，比上年增长9.3，相较于武汉和南京而言，经济总量优势明显，同时经济增长率近年来都稳居全国前三位，经济发展迅猛，直接带动了重庆航运经济的快速发展。
航运基础设施建设层面。截止2016年底，重庆拥有生产用泊位811个，生产性码头岸线70公里，与武汉、南京相当，但受限于长江上游航道水深限制，主城港区只具备常年3000吨级集装箱船舶通航以及库区港口5000吨级集装箱船舶季节性通航能力，且航道泥沙淤积情况相对严重。武汉具备常年5000吨级集装箱船舶通航，最大8000吨级集装箱船舶通航能力。随着国家实施12.5米深水航道延伸至南京，加之南京长江大桥净高限制，南京港成为了万吨级海轮进入长江的终点，造就了南京江海联运枢纽港地位。目前，南京港拥有万吨级以上泊位59个，其中3万至8万吨级为53个，年靠泊万吨级以上海轮超过万艘次。
航运综合服务能力层面。一是重庆与武汉、南京均具备较好的金融业规模优势，但重庆市航运金融支持力度不够，航运业作为资金密集型产业，金融业的发展将对航运业的发展起到关键作用;二是集疏运体系发展协同程度不高。武汉作为中心枢纽城市，具备发达的铁路运输干线与公路运输网络，南京则依托高等级公路网、发达水网及铁路干线优势，实现铁水无缝衔接，而重庆铁路干线多与水运航线平行，难以形成交叉互补优势;三是航运优势资源不突出。与武汉相比，缺乏优质造船企业、船舶维修企业，在海事仲裁方面，武汉拥有长江内河唯一海事法院，具备海事仲裁能力;四是与武汉相比航运人才培养存在一定差距。武汉作为全国教育资源的重要聚焦地，汇聚了众多颇具规模和影响力的航运科技研发和航运人才培养机构。
