目前，我国船舶管理部门普遍存在以下问题:一是服务行政理念未真正形成;二是政府各部门之间行为协调难，条块关系矛盾突出;三是从管理角度讲，重管制轻服务现象严重;四是船舶管理相关法律体系不健全，法制建设相对滞后;五是缺乏有效的激励机制行政效能有待提高。
因此，政府必须花大力气，从根本上改变船舶管理部门的职能倾向，使其从传统的管制型转向服务型，以适应社会的发展，为我国建设海运强国、海事强国提供保障。
1、更新观念为船舶管理部门职能转变做好思想准备
任何行为本质上都是在人的观念指导下的产物，政府职能的转变也必定是在人的观念支配下进行的。因此我们要转变船舶管理部门的职能，必须首先更新人员的观念，在管理部门工作人员中牢牢树立以人为本的协调发展观，树立执法为民的业绩观，树立依法行政的法制观，树立提供“公共服务”的政府观，树立有限政府、政府不是万能的理念。
2、推行依法行政规范政府行为
船舶管理部门要实现职能向服务型转变，必须加强对海事法律、船舶国际公约、航运政策等方面的研究，加快制定法律、行政条例，尽快建立起一个透明的、统一的、公正的、与国际海事法律法规接轨的、能切实维护本国船舶利益的法律体系，用这个法律体系来规范政府行为，并强制依法行政。
3、妥善处理好服务与管制的关系
传统理念认为，政府的职能就是对国家事务、社会事务进行管理，官就是用来管民的。但随着社会的发展，越来越多事实证明，一个好的政府是兼具管理与服务功能的。服务型政府虽然强调服务的理念，但并不是意味着要取消管制，在政府职能配置过程中，管理与服务是相辅相成的。在现阶段，由于受经济危机影响，航运市场持续低迷，水运发展形式错综复杂，存在着许多社会问题，而这些问题的解决都需要我们不断加强对水运业的管理职能、维护水运业的应有秩序。同时，面对当前水运业举步维艰的境地，又要求船舶管理部门在政策上提供更多支持，在行政方面、技术层面提供优质高效服务。海事系统目前正在推进“四型海事”建设，四型之一便是“服务型”。以海事为主的船舶管理部门必须妥善处理好管理与服务的关系，摒弃官本位的旧观念，树立民本位的新观念，树立“在服务中实施管理，在管理中体现服务”管理理念，将服务寓于管理中，将管理融入服务中。
