大量中资船舶入籍海外会带来一系列的风险，国家税收大量流失。这些船舶入籍海外，主要是由于国内税收偏高和整体航运环境不佳所致。为了能吸引这些船舶回归，我国政府可以考虑在特定区域内设置与香港地区同等的优惠税收政策。
1、扩大特案免税船舶登记制度试点范围
特案免税船舶登记制度是国家在船舶登记制度方面给予的优惠政策，鼓励中资外籍国际航运船舶转为中华人民共和国国籍，悬挂中华人民共和国国旗航行，对满足国家规定条件的特案免税登记船舶在进口报关时免征关税(9%)和进口环节增值税(17%)。该制度于2007年上海、天津、大连三地进行试点。2009年6月后延长至2011年6月30日。
交通运输部2011年12月23日发布了《关于在“十二五”期内继续实施中资方便旗船舶特案免税登记政策的公告》，特案免税船舶登记制度将延长到2015年12月31日。公告规定，“船舶所有人可选择经国家海事管理机构授权的具有国际航行船舶登记权限的任一船籍港，依据《中华人民共和国船舶登记条例》及相关规定，申请办理船舶登记手续。”根据该公告，特案免税船舶登记制度的实施地点不再只限于上海、天津和大连三地，可以根据该公告扩大特案免税船舶登记制度试点范围。
此外，从目前特案免税船舶登记制度实施的情况和效果来看，中资方便旗船舶回归的数量较少，大量中资方便旗船舶尚未回归，政府可以考虑适当调整该项政策、给予更多的政策优惠，并使该项制度成为一项长期的制度继续实施下去。
2、探索建立保税港区船舶登记制度
保税船舶登记制度是2012年国家批准上海实施的另一项船舶登记制度，是在特案免税制度基础上更进一步的船舶登记制度，将船舶视为货物进行保税的特殊政策。目前，该项制度在上海洋山保税港区实施还不到一年的时间，其作用和意义尚不明显，效果还难以评价，但作为船舶登记制度的突破和创新，与特案免税制度一样，可以在多个地方(如我国设立的其他保税港区一天津东疆、海南洋浦、大连大窑湾、广西钦州等)试点，然后总结、改进之后再推广到其他地方，最后建立起完善的保税船舶登记制度。
3、试行国际船舶登记制度
国际船舶登记制度因其具有很多潜在的利好因素，受到追捧和关注，是目前国际上比较流行的船舶登记制度。随着我国对外经济的持续快速发展，海运需求的逐年增长，海运强国战略已引起中央领导和高层的注意，但是中资船舶挂方便旗的数量还很多，这既不利于我国的经济安全，也不利于建设海运强国。从长远来看，吸引中资方便旗船回归五星红旗将是未来的趋势，除了目前开展的特案免税、保税船舶登记外，国际船舶登记制度将是一种很好的选择。我国前段时间己经成功设立三沙市，完成可以以“中国三沙”为登记港试行国际船舶登记制度。
