港口船舶代理公司就是把船主、用船方通过第三方即船舶经营人结合到一起，实现供需合作，当然在合作过程中必须要通过书面文字来保证合作的有效性和权威性，书面形式可以是委托代理合同，也可以是合作协议等，船舶经营人作为第三方来保证双方合作的有效性，并从中获取一定的中介费用，便形成了公司的代理业务。另外，在整个合作过程中，各合作方必须由合法的相关手续，这样才能够保证该合作业务的合法性。船舶代理关系根据代理协议的长度，可分为长期代理关系和航次代理关系。
船舶公司通常根据自己的船抵达港口的情况，决定与当地代理建立航行代理关系或长期代理关系。代理关系一旦建立，只要长期代理关系没有终止，代理关系就可以继续。想要与客户建立长期的代理合作关系，必须保证船舶公司的船只要经常停靠在代理公司附近的港口。由于合作关系属于长期代理，所以在签订相关的合作合同或者办理相关手续时，可以进行手续的简化，比如像结算手续等。。比如运送集装箱的船舶，基本会停靠某个固定的港口，为了保证船舶的有效运输率，可以在固定港口当地寻找一家合适的代理公司进行长期合作，这样才会提高船的利用率，双方也会有较好的收益。为了保证长期合作的有效性，降低合作风险，具体的合同可以委托专业的代理公司办理。
船舶代理公司在港口接受客户委托，在港口提供综合协调服务，其内容包括港口装卸货物、燃料供应、维修安排，协调有关单位，如海关、海事管理、边境检查站，检验检疫局等。在港口的入港和出港过程，有效的协调船舶在港口作业。接受委托代为提单签发等各种有关单证的订舱，并在港口处理所有的紧急情况。从上可以看到，船舶代理行业业务范围广，是一个以知识为基础的服务业，其服务全球客户是一个国际专业服务代理机构。
