广州市船舶交易管理所成立于1988年，是经广州市机构编制委员会以穗编字[1988]268号文件批准成立的事业单位，实行企业化管理，配备人员编制10名，人员经费自行解决，最初归属市航运总公司(市航运管理局)管理，现归属广州港务局管理。其主要职能是负责广州地区船舶交易管理工作，管理依据是广州市政府1996年颁布的《广州市船舶交易管理规定》。
广州市船舶交易管理所成立20年来，作为船舶交易工作的行业管理部门，对广州地区船舶交易工作实施统一管理，规范了船舶交易行为，保障了船舶交易当事人的合法权益，维护了船舶交易市场正常秩序，对加强广州地区水路运输行业管理和促进水路运输经济发展起到了积极作用，应当说这一点是客观事实、毋庸置疑的。但是，随着市场经济体制的建立和完善，政府职能的进一步转化，用现在的眼光来衡量，广州市船舶交易管理所存在较大的局限性，主要表现在:
1.政企不分，定位不明。广州市船舶交易管理所作为履行一定的政府管理职能、承担一定的公共管理任务的事业单位，但是内部实行企业化管理，办公及人员经费自行解决。在现有的事业单位编制中，有一部分自收自支实行企业化管理的单位，这些单位实际上就是以追逐利润为经营目标的企业，只不过它们为社会提供的大多是无形的服务产品。‘因而在成立之初就存在先天不足，实际上是政企不分、定位不明。现在船交所是管理和经营合二为一，既履行市政府赋予的船舶交易行业管理职能，又直接参与船舶交易经营行为以获得财政收入。这有违市场经济中政府与企业的角色定位原则。
2.市场监管职能缺失。目前广州市存在两个船舶交易市场:一个是在计划经济时代，1989年广州市船舶交易管理所成立“广州市船舶交易市场”，与该所是一套人马、两个招牌，带有很强的政府色彩;另一个是在市场经济环境下，2001年由民营企业投资成立的“华南船舶交易市场”，完全按照市场化运作。按照一般的管理思路，船舶交易管理所应该履行管理职责，管好市场;市场作为企业经营主体，应该主要负责经营。但是由于船交所管理职能和经营行为合二为一，为自身利益着想，实际上是排斥其它竞争者的，这有违市场经济公平竞争的原则。由于船交所定位角色的尴尬，不能理直气壮地履行船舶交易市场监管职责，造成市场监管职能缺失。实际上，目前华南船舶交易市场基本上脱离了行业主管部门的管理，成为行业管理的空白点。
3.违背了《规定》的立法精神和市政府的初衷。1988年市政府批准成立船舶交易管理所，其初衷是要求市船舶交易管理所代表市政府管理好船舶交易行业;1996年广州市政府出台《广州市船舶交易管理规定》，其本意也是赋予市船舶交易管理所对船舶交易行为履行行政管理职能。但目前该所实际上已作为市场经营主体提供经营性服务，获取经营性收入，而行业监管职能已严重削弱。这违背了《规定》的立法精神和市政府的初衷，也不符合行政管理体制改革方向。
以上问题的根本原因在于广州市船舶交易管理所定位不清，管理职能与经营行为混在一起，裁判员与运动员角色兼顾，造成政企不分，实际上弱化了行业管理职育旨。
