与普通融资租赁当事人相比，船舶融资租赁的当事人负担了许多额外风险，除了要面临船舶在航行过程中可能会遇到的海难事故之外，还要承担以下几种特殊风险:
(一)政治风险
船舶在世界各国航行时，可能在某些国家的港口由于政治原因被扣押、征用或没收，或者被困于某个战区无法离开。此时船舶等同于全损，无疑会给船舶融资租赁的各方当事人的利益带来影响。
(二)船舶所有人责任风险
在租赁期间，出租人享有船舶所有权，因此将承担国际公约与国内法中课以船东的义务与责任。例如，根据《油污民事责任公约》承担油污损害赔偿责任;如果船舶沉没，要承担打捞的义务，或负担强制打捞的费用;要遵守ISM Code等国际公约的要求，妥善配备船舶等。船舶融资租赁中的出租人以融资为主营业务，对其课以船舶所有人的诸多义务与责任显然并非当事人所乐见。
(三)司法扣押风险
船舶在营运过程中可能会产生享有船舶优先权担保的海事请求，海事请求权人通常会通过申请扣押船舶来主张权利。船舶被司法扣押后，如船舶所有人或承租人未能及时提供适当的担保，船舶将被司法拍卖。如果船舶优先权担保的海事请求权的数额巨大，船舶抵押权人的利益将受到严重影响，即船舶融资租赁公司与银行都将承担船舶营运所产生的高额风险。
上述诸多风险的存在，使得融资租赁公司与银行在投资于船舶融资租赁时顾虑重重，不利于船舶融资租赁这一融资方式的推广。如欲充分发挥船舶融资租赁在航运融资中的作用，就应采取各种对策，防范风险。
