航运作为生产性服务业的重要组成部分，直接支撑了现代经济的发展，在国民经济中具有重要的产业地位和功能价值。实施航运税收宏观调控措施，打造一支具有强大竞争力的航运队伍，必然能够提供低价优质的航运服务，使得出口货物具备价格竞争优势，而且这种优势的产生还不会导致反倾销、反补贴等国际诉讼的风险。
(1)特案免税
2007年交通运输部为发布了《关于实施中资国际航运船舶特案免税登记政策的公告》(交通部公告2007年第18号)，决定在现有船舶登记等制度基础上，采取特案免税政策。即从2007年7月旧至2009年6月30日，对凡符合条件的报关进口、办理船舶登记的中资方便旗船舶免征关税和进口环节增值税。该政策对吸引中资方便旗船舶、维护中国的航运大国地位、增强中国海运保障能力起到了积极的作用，收到了良好的效果。后来，该政策又应要求顺延至2011年年底。
(2)税收优惠
目前国家对于航运行业的税收优惠政策非常有限，一些地区为了鼓励航运行业在木地区的发展，制定了变相的地区性的税收优惠政策，例如木文第一章所述的青岛市对新注册总运力在5万吨以上的航运企业，从其所缴纳的税收中给予奖励的政策气方便旗注册地国正是利用减免税收优惠政策吸引大量航运发达国家的船舶。因此，实施税收优惠政策是一国关于扶持航运的重要宏观调控措施。
(3)减免船舶进口关税和增值税
由于中国的高额进口关税和增值税，为避免税费损失，使得许多国内航运企业在国外建造的船舶直接境外注册登记的现象。船舶在海外注册大大增加了中国航运企业的管理成本和风险。因此，国家应当针对航运业的特殊情况，采取灵活的税收减免政策，方便国外建造的航运企业回国注册，或者鼓励“国轮国造”。
(4)起运港退税
起运港退税政策是针对国际货物出口的一项税收改革措施，其核心内容是将外贸货物出口退税的时间大大提前，即由过去货物运到外贸出口港口并办理结关手续以后方能退税，改为从运出起运港尚未到达中转外贸出口港即视为己经出口并办理退税手续的政策。其最直接的好处是提前退税，优化了出口企业的资金周转。但是实际上，中国实施起运港退税政策的真正动因并不在此，而在于支持上海打造国际航运中心的目的上。因为赋予运至上海出口货物的内陆外贸企业从起运地即办理出口退税，从而鼓励更多的外贸货物选择经上海洋山港中转，必将大大提升洋山港的吞吐量，壮大其国际枢纽港的地位，是有力推进上海国际航运中心地位的重要举措。早在2009年国务院发便布了《关于推进上海加快发展现代服务业和先进制造业建设国际金融中心和国际航运中心的意见》(国发〔2009]19号)，其中就提及积极探索起运港出口退税政策。同时，有助于扩大在洋山保税港区发展集拼，配送等增值服务业务，提高与周边国家和地区港口的竞争力。2012年财政部、海关总署、国家税务总局联合发文《关于在上海试行启运港退税政策的通知》(财税[[2012] 14号)，标志着这项航运市场促进政策正式实施。在法治国家，政策的实施最终是要法律予以落实的，起运港退税政策也不例外，只有将其纳入税法、航运法，这项调控政策方能得以实现。
