①两者的实质要件不同。航运限制竞争是少数企业、企业集团利用优势地位，以协议、共谋联合或者其他方式实施的限制竞争、排斥竞争，其实质在于利用优势地位;而航运不正当竞争则是指航运经营者以不道德手段过度竞争，其实质在于违反“诚实信用”和“商业道德”。
②两者主体所处的地位不同。航运限制竞争的法律关系中，当事人总处于一种不平等的竞争关系中，一方处于优势地位，主要表现为实力雄厚的航运大企业与中小航运企业之间，航运业务经营者与单个的货主之间;而航运不正当竞争行为的法律关系中当事人一般并无市场优势，双方是平等竞争的主体，多数是指实力相当的航运业务经营者。
③两者的结果不同。航运限制竞争行为减少了航运市场上的竞争者的总量，使得市场上的有效竞争逐渐减少，直至将中小航运企业赶出市场，达到航运市场垄断目的;而航运不正当竞争行为则是航运经营者采用违反商业道德的手段进行过度竞争，不当地增加了航运市场上的竞争者总量，使得竞争不断加剧恶化，损害其他航运经营者的利益。
④两者适用的法律不同。航运限制竞争应适用专门调整垄断和限制竞争的法律，主要是指反垄断法及其适用于航运业的特殊规定;航运不正当竞争则应适用调整不正当竞争的法律，包括反不正当竞争法以及其他法律法规中关于调整航运不正当竞争的相关规定。可见，航运限制竞争与航运不正当竞争是处于不同层次和领域的概念，两者本质上存在差别，在实践中应加以区别，分别进行法律规制。
