美国运输部海事管理署(MARAD )、海岸警卫队和联邦海事委员会(FMC )是主管海运事务的主要部门。其中，联邦海事委员会(FMC)是根据《1936年商船法》建立的一个负责国际航运市场管理的准司法机构，直接隶属于国会，独立于联邦政府。美国航运法赋予FMC的主要职能有:负责美国国际航运经营人的行为实施监督管理;实施国际航运经营人的运价报备和服务协议报备;调查国际航运中的歧视性运价、费收等不正当竞争行为;受理航运经营人、港口经营人、货运代理人的许可申请并作出决定。
由于美国《1998年航运法》进一步放松对班轮运输的管理，FMC不再实行以前的运价报备功能，转而采取以公布运价的方式实施航运价格规制，改被动地报备规制为主动的价格公布监督:服务一协议的报备内容也大为减少和放松;不再对运价的合理性进行认定。FMC还负有在国际竞争中保护本国承运人，防止或者制止、制裁外国政府以及商业机构对美国航运业不利的做法，甚至还有权对外国政府或者承运人的相关行为进行调查并采取制裁或者罚款等处罚措施。联邦海事委员会内设许多机构，其中发挥核心作用的主要有:
1、执照和许可署，负责颁发远洋运输中介和旅客运输业务的经营许可证。
2、航线分析署，负责水运公共承运人达成的协议组织和有关活动进行审查和管理，审查和分析服务合同、监督受控承运人费率，审查承运人运价本公布系统的可获得性和准确性，负责竞争监督和市场分析，此外还负责长期密切监督泛太平洋运价协议(TSA)和西行泛太平洋运价协议(WTSA )。
3、执行署，执行署通过调查活动，促进远洋公共承运人、远洋运输中介、托运人、港口和码头，以及其他有关人遵守法律、法规。其调查范围非常广泛，涉及各种违反由联邦海事委员会管理的法律、法规的行为，包括:非法回扣;对货物的错误描述或者申报;非法或者未经备案的协议组织:滥用反托拉斯豁免;未获得许可从事远洋运输中介经营;未列入运价本货物的运输;未提供担保的客船从事经营;损害消费者利益的各种行为。
