在船舶多重买卖的背景下，关于善意取得制度的适用条件引发了较大的法律争议。争议的焦点主要在于船舶物权变动应以实际交付为生效要件，还是以登记为生效要件。根据善意取得的核心要素之一，物权变动需满足“依照法律规定应当登记”或“无需登记的己实际交付”的条件。然而，在船舶这一特殊动产的情境中，不同法律条文对物权变动的规定存在不一致，导致对于善意取得的适用标准存在不同理解。
一种观点认为，船舶物权变动的生效要件是实际交付。即使船舶所有权己完成登记，但未实际交付的买受人仍不符合善意取得的条件。这意味着，仅依赖登记系统的买受人无法依据善意取得制度获得船舶所有权，这可能对交易安全产生潜在威肋、，特别是在善意买受人己信赖登记系统的情况下。有的法院在此类案件中认为，船舶一旦实际交付给受让人并处于其占有控制之下，即己符合善意取得制度的相关规定，即“应当登记的不动产或动产己完成登记，不需登记的己交付受让人”。在某些案件中，涉及的船舶由于属于“三无船”(即无登记、无检验、无船名号)，且交易价格按照废钢铁处理，客观上不可能办理船舶所有权变更登记。因此，法院认定受让人己善意取得案涉船舶的所有权。在其他类似判决中，法院对船舶善意取得的认定也主要依据交付完成，而未将登记视为必要条件。
另一种观点则认为，船舶等特殊动产的所有权转移应以登记时间为物权变动的决定性标志。根据这一立场，只要完成所有权登记，买受人即可主张善意取得。支持这一立场的学者与实务界人士认为，登记制度本身就是保障交易安全和信赖保护的重要机制，否定登记效力将违背交易安全与诚实信用原则。在涉及第三人权益时，登记证书的法律效力应具有优先地位。例如，在广州海事法院审理的(1999)广海法执字第212-26号案中，法院确认扣押或拍卖的船舶为被执行人南洋航运集团股份有限公司的财产，而非实际所有人所主张的。这类案件显示，法院依赖船舶登记信息来确认船舶所有权，并未考虑第三人是否为善意持有人。这一判决反映了法院对登记对抗主义的严格适用，即在司法实践中，法院通常不考虑第三人的善恶意，一律以登记为准。这种做法体现了登记对抗主义的“形式主义”特征，强调对法律条文本身的严格解读与适用。然而，若完全依赖登记制度而忽略实际交付，则可能导致物权实际归属与占有状态脱节，进而引发潜在法律纠纷。
在船舶抵押的善意取得问题上，登记在挂靠人名下的船舶若未经挂靠人同意而被登记所有人抵押给银行等债权人，债权人能否基于登记主张抵押权成为争议的另一焦点。在湖北省高级人民法院审理的“王德法与江苏姜堰农村商业银行股份有限公司案外人执行异议之诉案”中，法院认定，抵押权人未实地核查船舶所有权并不影响抵押权效力，银行作为善意第三人享有抵押权。然而，2020年最高人民法院在“王杰与福建省安达远洋渔业有限公司船舶经营管理合同纠纷案”中指出，船舶抵押权人负有审查实际所有权的义务，若未尽到审查义务，则不得主张善意取得，进而否定了抵押权人的优先权.
整体而言，关于船舶善意取得的适用，法律界存在两种不同立场。交付优先论强调实际占有和控制，而登记优先论则强调登记对交易安全的保障作用。这两种观点在司法实践中各有适用，具体情况往往取决于案件的实际情形以及法院对交易安全和法律条文的不同解读。
