面对船舶融资租赁中的风险，对出租人利益保障主要有内部保障措施和外部保障手段两类。
内部的利益保障措施主要有:(1)所有权保留。承租人若不支付租金，银行可依所有权收回船舶;承租人破产，租赁物不被作为破产财产，银行也可取回船舶。较之传统的船舶抵押贷款，船舶融资租赁的银行利益更有保障，因为实现抵押权成本相当高，通常要经过法院扣船、强制出售等环节。船舶技术寿命可达20年以上，二手船交易市场极为发达，银行取回的船舶仍有许多机会处置，从而收回大部分融资成本。拆船市场也使报废船舶有相当的价值。
(2)租赁物瑕疵担保免除。在船舶融资租赁中，承租人自己承担船舶质量不符的风险，即使船舶存在严重缺陷，出租人也不承担责任。这与光船租赁中，BIMCO Barecon A规定的交船后18个月内船舶所有人负责交付时存在的潜在缺陷所致的修理和换新责任完全不同。(3)收取租金保障。融资租赁合同生效后，承租人不得中途解约，并承担租赁物非因银行原因所致的损坏、灭失的风险。即使因不可抗力导致船舶灭失，银行收取租金的地位仍不可动摇。这种情况下，只是银行丧失所有权，但收取租金的债权仍在。换言之，融资租赁的承租人负有支付租金的绝对义务，银行收取租金的权利存在于整个合同期间且不受影响，除非承租人破产。
银行利益保障的外部手段主要有:(1)船舶保险。在传统上这被认为是对船舶融资风险损失补偿的最佳方式。(2)银行应当避免干预承租人的船舶营运。对于船舶油污责任，银行可能被视为“影子董事“而承担巨额的赔偿责任，银行的船舶被强制出售或者被政府干预油污的行为所毁灭，因“影子董事”之故，银行将承担无限赔偿责任。因此，为避免涉及油污责任，在船舶租赁合同中不宜有太多的干预性条款。仅从事监督承租人对船舶的使用及承租人现金账户和应收账户等活动，根括通例不被视为真正参与了承租人的管理活动。如果再做进一步的干预，就可能被视为承租人的“影子董事”了。如果银行的干预是船舶对第三人侵权(如油污)的原因之一，则银行就难逃油污责任等侵权责任的承担。(3)海事赔偿责任限制基金制度。这一制度是指发生重大海损事故时，作为责任人的船舶所有人、经营人、承租人等，可根据法律规定，将自己的赔偿责任限制在一定范围内。责任基金是指责任主体要求限制责任的申请一经法院审查认可，就须向法院提交一笔与责任限额等值的款项，作为分配给所有限制性债权的基金。设立责任基金后，限制性债仅人就不得扣船。因此，融资租赁合同中应规定，因承租人原因产生船舶负担，承租人应设立限制基金。在承租人不依约设立限制基金时，银行可自行设立，避免损失的进一步扩大。(4)船舶租赁前己有负担的对策。这些负担主要是船舶优先权，船舶优先权不因船舶所有权的转让而消灭，但是，船舶转让时，船舶优先权自法院应受让人申请予以公告之日起满一定期间不行使的除外(我国《海商法》规定60日的期间)。因此，出租人为取得无负担的船舶，可向法院申请船舶优先权催告，催告期间届满，无人主张船舶优先权的，法院应当根据当事人的申请做出判决，宣告该转让船舶不附有船舶优先权。否则，在船舶转让后再申请法院催告，无疑是出租人“自讨苦吃”。
