采用船舶所有权登记对抗效力模式也存在一些不足:首先，船舶所有权效力在船舶买卖双方当事人之间及与第三人的效力不同。显然削弱了船舶所有权的物权效力，遭遇理论上无法解决的难题，因为船舶所有权为物权，而物权为对世权，本可以对抗一切人，但按照我国船舶所有权变动模式，船舶所有权产生后在没有登记之前是不能对抗第三人的，这种不能对抗第三人的物权是否为真正意义上的物权，让人深思。我国台湾学者王泽鉴因此认为，“公示对抗主义有己成立物权不得对抗第三人之弊，与物权之本质不合，理论上也不当”。从法理角度讲，不经登记的船舶所有权制度动摇了民法财产法体系中物权和债权的两大基本分类，物权的绝对性和债权的相对性的划分会失去意义。而这也是船舶所有权登记对抗模式自身无法解决的。
其次，船舶所有权登记对抗模式在交易安全的保障上尚欠周全。船舶所有权登记对抗模式在追求自由交易的同时，一定程度上牺牲了交易安全。在船舶所有权变动后没有进行船舶所有权登记之前，此时的船舶所有权仅仅具有债权的效力，船舶买受人并不享有完整的物权，对船舶并没有物权上的支配权和排他效力，这非常不利于保障船舶买受人的利益。即使船舶所有权进行登记之后，由于登记对船舶所有权变动不起决定作用，善意第三人无法依靠登记的内容来维护自己的利益。因此，船舶所有权登记对抗模式在倡导个人意志高度自由的同时，忽视了交易过程中的安全问题。
