司法拍卖船舶的注销和登记问题也是《北京草案》中的核心内容之一,因为船舶的注销和登记直接关乎到买船人的权利。《北京草案》第6条规定了买船人可以凭借第5条所规定的船舶司法拍卖证书向原船舶登记机关申请注销,并自行申请新的船舶注册登记。

第6条的规定引发了广泛的争议。在包括中国在内的大部分国家的国内立法中,船舶注销都应由原船舶所有人进行。中国代表提出,由买船人负责办理船舶注销会加重买船人的义务,增加了购船的困难。美国代表提出,因为美国国内立法不允许非美国人拥有美国籍的船舶,所以第6条的规定在美国国内难以执行。
国内曾有学者提出,为了平衡原船舶所有人拖延注销给买船人带来的不便和买船人自行申请注销所遭遇的困难,公约应规定原船舶所有人和买船人都可以申请注销。但这样可能在实践中造成注销义务的不确定性。
除了注销主体的问题之外,各国国内法在注销与登记的其他内容上同样存在差异,这也导致注销与登记的问题一时间难以达成共识。