明确船舶挂靠的法律关系性质，在解决相应纠纷时才能准确适用实体法和程序法。在分析、处理各类不同法律纠纷中，都要判断双方有怎样的法律关系。现行司法实务虽给船舶挂靠以清晰定义，却没有厘清挂靠当事人之间的权利与义务，更没有明确确定挂靠关系是否合法，因此如何调整船舶挂靠与经营当事人之间的法律关系，进而厘清相关责任主体己成为海事司法实践中的难题之一。
船舶挂靠法律性质未能明确所产生的后果是，若挂靠双方未达成挂靠协议，或者在一些事项上没有统一约定，例如被挂靠人帮助履行挂靠船舶转移登记义务等，则很难参考其所属法律关系中权利义务内容对其行为进行合理、合法地安排。在挂靠过程中，必须根据实际情况合理地进行协调与分工，才能实现挂靠各方利益最大化。当挂靠双方就其权利义务内容存在分歧且缺乏特定法律规则指引的情况下，无法回避义务推诱进而引发法律纠纷。因此，如何界定船舶挂靠法律关系是当前司法实践中函待解决的问题。关于船舶挂靠法律关系性质问题，理论界一直争论不休。
第一种观点认为，在我国，“挂靠”与“隐名合伙”之间存在着一定的相似性。但深入分析后不难发现，二者的差异是很明显的。首先，资产实际所有人不同。虽然隐名合伙中出名经营人也与挂靠人一样进行对外经营，但出资方是隐名合伙人，出名营业人对隐名合伙人的出资享有形式所有权，而船舶挂靠中是被挂靠人对挂靠人的实际资产享有形式所有权。其次，利益分配方式不同。隐名合伙所得由隐名合伙人和出名营业人按照约定或者出资比例进行分配，挂靠船舶所得则完全归挂靠人所有，被挂靠人不享有参加分配的权利，仅可收取约定的管理费。因此，在此情形下，挂靠船舶的行为不能被认定为是隐名合伙。
第二种意见认为挂靠经营属于表见代理行为，从船舶挂靠经营角度来看，挂靠人以所挂靠方名义经营这一模式基本符合代理法律特征。但是，进一步探讨，仍可认为船舶挂靠不应归属于代理法律关系。本文认为船舶挂靠不应该归属于代理关系当中，因为两者都有其特定的适用对象和范围。首先，在代理关系下，代理人以保障被代理人利益为己任，不把自己的利益放在和被代理人相对立的位置上，而力求取得对被代理人最为有益的效果。但是船舶挂靠经营中，挂靠人是为了自己的利益来进行营运，也会为了挂靠船舶所有权等问题与被挂靠人产生冲突。第二，代理人只能在代理权限内为民事行为，但是挂靠人在经营活动中享有充分的自主权，基本不受被挂靠人的约束。三是代理人实施的民事行为引起的权利、义务和责任都直接归被代理人所有，最终都要被代理人承担。而在船舶挂靠经营行为中，其最终成果的承担者为挂靠人。从上述三点出发，本文认为挂靠归入代理关系是不可取的。这种理论解释虽然具有一定合理性，但是却没有充分论证船舶挂靠经营是否属于代理制度之列。
最后一种观点是借名法律行为，其与船舶挂靠行为最为类似，也是本文赞同的观点。借名法律行为指名借人允许借名人以自己的名称或者商号从事经营活动，对错误认定借名人为名借人的善意第三人而言，名借人应当对名借行为所产生的外观负责。名义借出物是指与名义借用有关的财产或债权。具体表现是挂靠人未办理营业执照就借被挂靠人营业之名从事货运业务。在未取得营业执照时，由挂靠人向被挂靠人缴纳保险费并支付管理费。船舶挂靠时，以订立明确当事人权利和义务的船舶挂靠经营协议的方式，由被挂靠方收取部分管理费之后，让不具备相应资格的挂靠方使用自己的姓名从事水路运输经营活动，共享全部业务范围，自主经营、自负盈亏。同时，在合同约定期间，挂靠人受委托代理船舶从事货物装卸或其他水上作业等经营活动并对其负责。该经营模式符合借名法律行为内涵，应具有船舶挂靠法律属性。
