总体布局和服务区域设置不合理
机构总体布局不合理
一些沿海船舶交易量较大的省份，机构设置数量不足，增加了交易等待时间;而一些船舶交易较分散的省份，机构地理位置设置过于集中，增加了偏远地区船舶交易的路途费用和时间成本。比如，目前山东省仅有一家经交通运输部公布的船舶交易服务机构，设在省东部沿海城市青岛，从而给大量集中在省西南部济宁、枣庄的内河船舶交易带来不便。
机构服务区域有待加强管理和规划
在管理船舶进场交易方面，由于大部分船舶能在场外完成交易，机构内完成的交易量缺乏相应的保障;在规划机构服务区域方面，有些船舶交易服务机构实行本地保护，不允许外地甚至本省地级市的机构介人，有些则在全国范围内布点、宣传，招揽外地的船舶交易服务，因此本地与外地机构通常在同一服务区域上存在较大分歧，未能形成全国范围内统一、协调的服务区域格局。
船舶交易服务机构自身存在不足
自身定位缺乏公益性
目前有些地方的船舶交易服务机构尚属私营性质，自负盈亏，因此很难按照“不以营利为目的”的标准来规范全国船舶交易市场。有的机构为实现股东利益最大化，急于扩张、获利和分红，从而逐渐与船舶交易服务机构设立的初衷相背离。
自身营运不符合规范
一是机构设置未严格按照规范执行。主要表现在:配备人员不够专业，缺乏对船舶交易价格的敏感度，影响交易鉴证作用的发挥;没有交易大厅，无法为交易双方提供洽谈、信息沟通等必要业务活动的场所;操作流程缺乏可供参照的执行标准，普遍存在交易鉴证材料不齐全、资料存档不完善、发票规格不统一等问题。
二是机构服务功能不齐备。目前多数船舶交易服务机构尚未完全具备培育船舶交易经纪人、建立数据库以及船舶评估等基本服务功能，更不用说提供船舶招投标、拍卖、融资、保险等深层次配套延伸服务，因此缺乏核心竞争力，削弱了机构服务功能的发挥。
三是服务费收取不合理、不统一。一般来说，服务费中2/3为机构的服务费收人，1/3为机构代征双方各0.05%的印花税，因此对于一艘价值千万的船舶来说，交易服务费就高达上万元，而鉴于机构缺乏增值服务，其存在的必要性备受质疑;不统一体现在全国船舶交易服务机构的收费标准分别由各地价格主管部门核定，因而造成各地的收费标准由0.3%一1.8%不等，极易引起随意压低价格的恶意竞争现象。
服务对象满意度有待提高
一是船舶交易经纪人未能得到有效培育。近年来网络信息技术发展快速，中国船舶交易信息平台部分取代了船舶交易经纪人的作用，船舶交易服务机构普遍对如何建立船舶交易经纪人名单及信用等级制度不知所措。
二是不能出具船价发票。现有的船舶交易服务机构尚不能出具船价发票，给交易双方的固定资产人账带来不便，因而难以吸引船舶所有人在场内完成洽谈、成交、付款、鉴证等一系列业务。
